Протеин белок: Сырой белок (протеин) — что это означает?

Растительный протеин | Белок | Body&Fit RU

Протеин растительного происхождения

Наш протеин растительного происхождения — отличная альтернатива сывороточным протеинам, которая подходит веганам и вегетарианцам.
 

Растительный протеин

Известно, что белок способствует наращиванию и поддержанию мышечной массы. И хотя уже долгое время нашим излюбленным источником протеина остаются молочные продукты, есть несколько возможных причин выбрать вместо них протеин растительного происхождения. Если вам подходит рацион для веганов или для вегетарианцев, протеин растительного происхождения может стать для вас ежедневной альтернативой протеиновому порошку на основе молочных продуктов. Если вы решили уменьшить ежедневное потребление лактозы или если у вас непереносимость лактозы, вы также можете воспользоваться растительной альтернативой протеину молочного происхождения. Что же касается флекситорианцев (нестрогих вегетарианцев), эти продукты помогут им уменьшить потребление продуктов молочного происхождения в течение недели.
 

Популярные растительные протеины

Если вы хотите отказаться (пусть даже частично) от молочных продуктов и сывороточного протеина, следует учитывать, что популярность протеинов растительного происхождения постоянно растет, а их выбор расширяется. Body & Fit UK предлагает широкий ассортимент порошковых продуктов растительного происхождения. Вы предпочитаете использовать порошковый протеин без содержания молочных продуктов? Или все еще ищете новый продукт с растительным протеином для своего рациона? Мы можем предложить вам необходимое. Изучите наш широкий ассортимент продуктов растительного происхождения.
 

Разнообразие растительных протеинов

Ориентироваться в широком разнообразии продуктов растительного происхождения может быть непросто, поэтому давайте отдельно поговорим о наиболее часто используемых протеинах растительного происхождения — о гороховом протеине, о конопляном протеине и о миндальном протеине. Порошок горохового протеина изготавливается путем извлечения протеина из гороха. Утром его можно добавлять в смузи и в коктейли или смешивать с овсяной и с другой кашей (с молоком растительного происхождения), чтобы получить нужную в начале дня порцию белка. Конопляный протеин — еще один популярный вид протеина растительного происхождения, который, как и гороховый протеин, считается суперфудом. Этот порошок отлично подходит для веганов, вегетарианцев и любителей сырой пищи, которые с его помощью могут получить свою ежедневную порцию не содержащего молока протеина. За счет орехового вкуса и молочной структуры конопляный протеин служит превосходной добавкой к смузи и коктейлям. Его также можно добавлять в выпечку, например в кексы и блины, для получения дополнительной порции белка. Миндальный протеин — еще один суперфуд среди растительных протеинов. Миндальную муку часто используют в пирожных. Этот орех уже завоевал репутацию любимого продукта у тех, кто стремится постоянно употреблять протеины без содержания молока. Если вы хотите избегать сывороточный протеин, миндальный протеин станет отличной альтернативой, внеся разнообразие в вашу еду и снеки — в коктейли или выпечку, усиленные протеином. Его шелковистая текстура отлично подойдет для овсяной каши или пудинга перед сном. Миндальный протеин также можно добавлять в картофельное пюре. В нашем широком ассортименте продуктов вы найдете гороховый, конопляный, миндальный и соевый протеин, а также другие продукты растительного происхождения.
 

Приобретайте нужный вам протеин растительного происхождения в Body & Fit

Предпочитаете гороховый, конопляный, миндальный или соевый протеин? У нас они есть. Приобретайте онлайн в Body & Fit нужные вам продукты с протеином растительного происхождения.

 

ПОДПИШИТЕСЬ НА ЕЖЕНЕДЕЛЬНЫЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ, НОВОСТИ И СОВЕТЫ

Плюс 20% скидка на ваш первый заказ

Протеин

Начнем с главного, а именно с определения понятия «протеины». Протеинами именуют составляющий строительный материал для роста мышечных волокон. Если говорить проще, то протеин – это тот же белок, то есть самый главный составляющий компонент каждого организма. Обращаем Ваше внимание на то, что достаточное количество протеинов в организме человека намного важнее количества микроэлементов и витаминов. Проникая в организм человека, белок под воздействием органов пищеварения расщепляется до аминокислот, после чего вместе с кровью данные аминокислоты поступают во все органы и системы того же организма. В результате, именно аминокислоты принимают участие в формировании мышечных клеток. Из всего вышесказанного можно сделать только один вывод: чем больше протеинов будет расщепляться организмом, тем быстрее будут восстанавливаться и расти мышцы.
 На сегодняшний день различают несколько видов протеинов. Это и сывороточный протеин, и яичный протеин, и казеиновый протеин, и соевый протеин, и некоторые другие виды. Если говорить о сывороточном протеине, то данный вид протеина является одним из самых лучших. Объясняется это тем, что сывороточному протеину свойственно не только очень легко, но еще и очень быстро усваиваться организмом. Помимо этого, именно сывороточный протеин наделен высокой биологической ценностью. Что касается казеинового протеина, то он усваивается уже намного дольше. Соевый же протеин вообще чаще всего назначают женщинам для нормализации гормонального фона. Мужчинам его желательно не использовать, так как его применение может вызвать некоторые не совсем приятные последствия.
 Сывороточный протеин (Whey Protein) Сыворотка – форма белка, которая может быть получена из молока и молочных продуктов. Белки в этих молочных продуктах могут быть отделены друг от друга разными способами. Раньше сыворотка считалась абсолютно бесполезным продуктом при обработке сыра, однако когда было обнаружено что сыворотка фактически является высококачественным белком, с помощью дистиляции из нее начали получать белковый порошок, который содержит или немного или вообще не содержит жира, а так же не содержит лактозы. С тех пор сыворотка используется во многих белковых добавках. Сывороточный белок – сбалансированный белок, содержащий все 9 незаменимых аминокислот, сывороточный протеин считается одним из самых качественных. Концентрация Формы сывороточного протеина, которые вы можете встретить в магазинах: Гидролизат сывороточного протеина(Whey protein hydrolysate). Гидролизат – белок, у которого были разрушены некоторые пептидные связи, в пользу построения более коротких аминокислотных цепочек (короче – это в плюс – быстрее усваивается). Это вид протеина не очень популярен по нескольким причинам: он дорогой, подвержен гидролизу (порошок вбирает в себя воду – например как некачественный сахар) и из-за своего вкуса — может становиться горьким.
 Изолят сывороточного протеина(Whey protein isolate). Это чистая форма сывороточного белка, из которого удалена вся лактоза (молочный сахар). Этот протеин можно посоветовать тем, у кого есть непереносимость лактозы. Также рекомендуют принимать именно его в период сушки (сброса веса), т.к. в нем нет ни жира, ни сахара – только чистый белок и вы сами можете решить какие углеводы и жиры съесть вместе с протеином.
Концентрат сывороточного протеина(Whey protein concentrate). Это наиболее стандартная форма сывороточного протеина. Относительно недорогой – из него делается большое количество белковых добавок. Единственный недостаток – раньше он содержал много лактозы, но сейчас с развитием технологий это было исправлено у большинства производителей.

 Казеин – другой белок, получаемый дестиляцией в сырной промышленности. Является превосходным источником глютамина — крайне важной аминокислоты для атлетов, у него есть несколько отличий от сывороточного белка. У казеина есть два недостатка – он содержит меньше BCAA, чем сывороточный протеин и содержит больше лактозы. Казеин всасывается нашим кишечником заметно медленнее сывороточного белка и поэтому является хороши источником белка на продолжительное время. Если вы знаете, что придется долго не есть – выпейте сывороточный протеин – он будет долго подпитывать ваши мышцы белком и не даст им разрушаться. Еще его рекомендуют пить казеиновый протеин на ночь, чтобы минимизировать потерю белка за ночь – ведь во сне мы не может покушать. А спим не менее 8 часов. Если нет протеина – отличный источник казеина – творог. Берите 0-5% жирности и пачку/пол пачки кому много съедайте на ночь.
 Соевый протеин Соевый протеин содержит много BCAA, но в нем мало метионина – незаменимой аминокислоты. Соевый белок быстро усваивается нашим желудком, поэтому столь же быстро наступает чувство голода. Многие атлеты предпочитают не пить соевый протеин, потому что он содержит гормоны, которые способствуют выработке эстрогенов (женских половых гармонов). А для мужчин это совсем не желательно. Хотя нельзя сказать, что при приеме соевого протеина снижается уровень тестостерона или мышцы становятся дряблыми – на это нет никаких оснований. Соевый протеин считается менее качественным, чем сывороточный и казеиновый. Подведем итоги: Белок (в том числе и протеиновые порошки) – необходимое для выживания человека вещество. Вы должны увеличить потребление белка, если вы атлет или тем более, если атлет, который набирает мышечную массу. Нужно стараться получать белок из различных источников (Нельзя есть например только творог или протеиновые порошки) чтобы аминокислотный состав пищи был сбалансирован – это предотвратит разрушение ваших мышц. Не надо перебарщивать с белком – не ешьте белка больше, чем вам нужно т.к. весь белок сверх нормы превратиться в жиры и углеводы. Принимайте казеиновый протеин (белок) перед сном – для медленного переваривания белка в течении пьем на ночь и в случае больших перерывов между приемами пищи. Принимайте сывороточный протеин до и после тренировки, т.к. он усваивается быстрее всего

Статьи о спортивном питании. Заказать спортивное питание Meal to Goal

Вы — в нашем онлайн магазине 😉 Точно знаете, что для поддержания здорового и спортивного образа жизни вам нужен дополнительный белок, поэтому вы хотите купить протеин. Но не знаете какой! Давайте разбираться вместе.

Чтобы определить нужный вам протеин, важно разобраться с целью, временем и способами приема протеина. Но для начала сделаем краткий обзор основных видов встречающихся на рынке протеинов и их свойств.

Основные виды протеинов и их свойства

---

Яичные протеины

Яичный белок (протеин) считается эталоном белков по своему составу и усвояемости. К недостаткам данного протеина относятся его специфический яичный вкус и относительно высокая цена. Поэтому продукт будет не самым лучшим выбором для приготовления протеиновых коктейлей, но отлично подойдет в качестве ингредиента при приготовлении полезных блюд.

Молочные протеины

Сывороточный протеин концентрат – самый распространенный в мире протеин для использования в спортивном питании. Он содержит в своем составе около 80% белка (но не более 85%), относительно быстро усваивается и в общем подходит для использования практически в любое время дня и практически для любых целей – будь то похудение, набор массы, восстановление и т.д.

Сывороточный протеин изолят – быстро набирающий популярность в мире протеин. Он отличается от концентрата сывороточного белка более высоким содержанием протеина – более 85%. В результате уменьшается содержание небелковой части продукта, которая включает жиры и лактозу. Данный продукт для тех, кто не переносит лактозу или тех, кто стремится максимально снизить потребление жиров.

Гидролизат сывороточного протеина – это частично расщепленный ферментами белок, что способствует его максимально быстрому усвоению. Гидролизат является  лидером среди протеинов по скорости усвоения, что и определяет его основное использование – сразу после тренировки на набор мышечной массы.

Казеин – это молочный протеин с самой низкой скоростью усваивания. Белок поступает в организм равномерно и в течение продолжительного времени. Этот продукт будет хорош при длительных перерывах в приемах пищи, а также для приема в вечернее время.

Подробно о производстве различных видов протеинов из молока вы можете прочитать в нашей статье: Производство молочных белков (Протеинов)

Растительные протеины

К растительным протеинам относятся гороховые, рисовые, конопляные, пшеничные, соевые белки, а также их смеси. Эти протеины могут быть рекомендованы для людей с непереносимостью лактозы, а также тех, кто стремится исключить из своего рациона продукты животного происхождения — вегетарианцы и веганы. Недостатками растительных протеинов является их плохие вкусовые характеристики, менее качественный, по сравнению с молочными и яичными протеинами, аминокислотный состав и низкая усвояемость.

---

Теперь переходим к целям, времени и способам приема протеина.

Цели, время и способы приема протеина

---

Цель — Похудение

При похудении вы пересматриваете свои физическую нагрузку и рацион питания. Вот тут-то и поможет протеин. Можно использовать протеиновые коктейли в качестве перекуса — насыщение и ощущение сытости от них гораздо больше, чем от углеводных перекусов. Кроме этого, коктейль с протеином — отличная альтернатива сладкому, если хочется перекусить. Также, протеин можно добавлять в пищу при приготовлении, он может заменить часть муки или же просто добавит белка в ваш продукт, что сделает прием пищи, опять же, более сытным. При похудении вы добавляете физическую нагрузку, поэтому необходимо восполнять запасы белка в организме, чтобы энергия расходовалась из жировых запасов. Все это относится к сывороточному протеину концентрату.

Еще одно преимущество протеина, но в данном случае уже казеина, при похудении, это его прием в вечернее время. Приняв казеин вечером/на ночь, вы избавитесь от чувства голода, а также, за счет долгого времени усвоения, насытите свой организм на продолжительное время. Более подробно о казеине смотрите в видео на нашем канале в Youtube.

При более скрупулезном подсчете суточного потребления калорий или же низкоуглеводной или безжировой диете можно выбрать протеин, ориентируясь именно на эти показатели, а именно максимальное содержание белка и минимум жира и углеводов. В данном случае это будет протеин сывороточный изолят.

Цель — Набор мышечной массы

Как известно, белок, он же протеин, является строительным материалом для наших тканей, мышц. При целенаправленном наращивании мышечной массы необходимо увеличивать прием белка. В виду этого, можно добавлять сывороточный протеин концентрат или изолят к привычной пище.

Для более быстрого поступления белка к мышцам после тренировки выбирайте протеин сывороточный гидролизат, у которого время усвоения является самым коротким.

Ночью мы растем! Помните это из детства? Так вот наши мышцы и ночью продолжают расти, а подпитать их можно, приняв казеиновый коктейль перед сном.

Цель — Восстановление

Восстановление происходит в период покоя. Помогите восстановиться вашим мышцам и организму, приняв сывороточный протеин концентрат или изолят после тренировки, или казеин вечером перед сном. Участвуя в восстановлени организма протеин также оказывает положительное влияние на иммуностимулирующую функцию.

Время приема:

·         с утра,

·         между приемами пищи или в качестве перекуса,

·         до тренировки,

·         после тренировки (основной прием),

·         на ночь.

Выбирая время приема, отталкивайтесь от целей, а также смотрите на время усвоения протеина организмом.

Способы приема:

·         чистый протеиновый коктейль на воде или молоке,

·         добавка к пище,

·         ингредиент в составе продукта.

Обратите внимание на то, что наши протеины предлагаются в двух вариантах — Instant и Standard. Протеины линейки Instant обладают лучшими размешиваемостью и растворимостью, а также меньшим пенообразованием  по сравнению с линейкой Standard. Поэтому, если вы предпочитаете только простые протеиновые коктейли, разведенные на воде, выбирайте Instant. Для коктейлей на молоке и остального использования вы практически не заметите разницы между Standard и Instant, поэтому продукты Standard будут целесообразнее. На нашем канале есть специальное видео о растворимости!

---

А теперь сведем всю эту информацию в таблицу в привязке к протеинам Meal2Goal.

И в заключении — не забывайте о том, что полное понимание того, какой продукт и когда нужно использовать, в любом случае, придет только с опытом, а на начальном этапе самым лучшим советчиком для вас будет ваш тренер.

Протеины | Какой протеин выбрать?

Белки куриных яиц

Цельный яичный белок имеет наивысшую усвояемость и считается эталонным, относительно которого оцениваются все остальные белки.   Как известно куриное яйцо состоит из белка, который практически на 100% состоит из альбумина (овоальбумина) и желтка, который содержит 7 различных белков — альбумин, овоглобулин, коальбумин, овомукоид, овомуцин, лизоцин, авидин.   Также необходимо отметить, что употреблять в пищу большое количество сырых куриных яиц не рекомендуется, так как они содержат ингибитор (вещество значительно замедляющее процесс переваривания) пищеварительного фермента трипсина. Более того, белок авидин, содержащийся в желтке, жадно присоединяет к себе жизненно важный биотин (витамин Н), образуя прочный комплекс, который не переваривается и не усваивается организмом. Поэтому рекомендуют употреблять куриные яйца только после термической обработки (при 70°С разрушается ингибитор трипсина, а при 80° С высвобождается активный биотин из биотин-авидинового комплекса).   Японские и тайваньские ученые решили выяснить влияние яичного белка на организм человека. В эксперименте участвовали три группы женщин — добровольцев. Все они были практически здоровы, но с повышенным уровнем холестерина в крови. Испытуемые ели диетически приготовленную пищу из расчета 1750 калорий в день с ежедневным потреблением 70 грамм протеина. Жир в рационе испытуемых составлял 20 % протеина от общего числа калорий. 30 % протеина первая группа получала из яичного белка, вторая группа — из сыра, и третья — из соевого сыра. Вес тела и ежедневные физические упражнения оставались неизменными в продолжение всего исследования. Как выяснилось в результате эксперимента, у групп, получавших протеин из яичного белка и соевого сыра, общий уровень холестерина понизился, причем, у первой группы, кроме того, увеличился уровень «хороших» липопротеинов. У третьей группы, получавшей сыр, уровень холестерина в крови возрос.   Эти данные раскрывают полезные качества яичного белка, но как относиться к яйцу в целом?   Еще одно исследование, опубликованное в «Annals of Nutrition and Metabolism» в 1996г, показало, что употребление яиц в течение дня понижало уровень липопротеинов высокой плотности (полезного холестерина). Считается, что последний препятствует развитию атеросклероза. Хотя на первый взгляд это указывает на то, что яйца не такие уж полезные, более пристальный взгляд помогает найти простое решение. Вызываемый употреблением яиц отрицательный эффект — связан с повышенным окислением, которому благоприятствует употребление целых яиц, благодаря высокому содержанию в них полиненасыщенного жира. Полиненасыщенные жиры особенно склонны к окислению, включая омега-3 жиры, содержащиеся в рыбе и льняном масле. Тем не менее, вы можете легко предотвратить повышенное окисление жира — просто путем употребления антиоксидантов. Они включают в себя витамины С, Е, РР, селен и бета-каротин. Такие натуральные антиоксиданты стабилизируют полиненасыщенные жиры, предотвращая окисление.   Все это теория, а как же дело обстоит на практике?   90% бодибилдеров имеют возраст меньше 30 лет и лишены проблем с повышенным уровнем холестерина в крови, эти факторы практически полностью устраняют возможность возникновения патологических изменений в жировом метаболизме выражающихся в гиперхолестеринемии. Кроме того, холестерин — это неотъемлемая часть клеточных мембран, и в растущем организме недостаток холестерина — чреват торможением физического развития и другими проблемами. А поскольку бодибилдинг подразумевает, прежде всего, рост мышечной массы, то элементарная логика подсказывает, что расходы холестерина будут выше, чем в популяции. И главное, каждый культурист должен включать в свой рацион дополнительно витамины. Витамин А, С и Е, обладают выраженными антиоксидантными свойствами, которые обеспечивают практически полную безопасность употребления цельных яиц.   Что касается жиров, то при наборе массы тела их количество не повлияют на общие результаты, так относительное их содержание не так велико. Не надо забывать, что в желтках содержатся большое количество витаминов, микроэлементы и биоактивные вещества.   Таким образом, становится понятно, что употребление яиц в пищу целиком не только не опасно, но и полезно, особенно при наборе массы.   Если вы снижаете массу тела, то следует отказаться от желтка, но непременно, включайте в диету белок.   Для производства пищевых добавок используется как цельный яичный белок, так и отдельно яичный альбумин. Спортивное питание, изготовленное на основе яичного белка, лишено всех недостатков цельных яиц, при полной сохранности полезных качеств, поэтому последний считается одним из самых качественных и эффективных во всех отношениях.   Относительно медленное усвоение яичного белка, дает возможность употреблять его при снижении массы тела, без страха замедлить процесс похудения.

Новый белок. Готов ли российский рынок к альтернативным кормовым белкам — Журнал «Агротехника и технологии» — Агроинвестор

Легион-Медиа

Журнал «Агротехника и технологии»

январь – февраль 2020

Читать номер

Ежегодный общемировой дефицит кормового белка превышает 30 млн т, а в России он составляет около 2-2,5 млн т. По данным Союза комбикормщиков, в нашей стране проблема частично решается за счёт импорта около 2,2 млн т белкового сырья и расширения посевных площадей сои на 500 тыс. га. Однако сложившаяся ситуация заставляет специалистов искать альтернативные способы производства кормового белка, открывая для бизнеса новые возможности. В тенденциях на рынке кормовых белков разбирался корреспондент журнала «Агротехника и технологии»

Корма представляют собой комплекс протеинов, аминокислот, витаминов и микроэлементов. Соответственно, эффективность кормов зависит от степени и качества сбалансированности по этим показателям, убеждён Сергей Глухих, научный руководитель компании «Метаника» (биотехнологическая компания, реализующая проект по синтезу белка из газа метана). «Невозможно вести интенсивное сельское хозяйство на базе не сбалансированных в соответствии с продуктивностью животных, птицы и рыбы кормов. А с позиции кормовой и продовольственной безопасности страны очень важно, чтобы перечисленные ингредиенты комбикормов не поступали из-за границы, а производились непосредственно в стране», — поясняет он. 

Главный балансирующий ингредиент кормов — белково-витаминный концентрат (БВК) или попросту белок. Причём в кормах он должен быть как животного, так и растительного происхождения, обращает внимание специалист, и вводить его нужно строго по нормам в зависимости от вида и возраста животных. 

Сергей Глухих напоминает, что источниками растительных белков выступают все злаковые, бобовые (соя), масличные культуры и др., вплоть до обычного сена и соломы. К белкам животного происхождения относится рыбная и мясокостная мука, сухие кормовые дрожжи, некоторые отходы перерабатывающей промышленности и БВК. 

Дефицит этого белкового продукта в России, как отмечает научный руководитель «Метаники», превышает 2 млн т в год. В среднем, по его данным, каждая тонна БВК полноценно балансирует до 20 т комбикормов. 

«В советское время проблему пытались решать разными способами, вплоть до производства кормовых белков из отходов нефти. И, надо сказать, достигли определённых успехов: объём производства довольно качественного продукта превышал 1 млн т», — рассказал Алексей Аблаев, к. т.н., президент Российской биотопливной ассоциации.

По его словам, в начале 1990-х годов на российском рынке появились большие объёмы сои по бросовым ценам, и это уничтожило промышленное производство кормовых белков из альтернативных источников. Дефицит стали восполнять сначала за счёт поставок североамериканской, а затем южноамериканской сои, что поставило российских сельхозпроизводителей в зависимость от конъюнктуры мировых рынков.

Одновременно с этим за последние 10 лет в связи с изменением климата и истощением водных ресурсов в несколько раз выросли цены на рыбную муку, что сделало её дорогой альтернативой традиционным кормовым белкам, продолжает Алексей Аблаев.

«Дефицит объясняется, во-первых, нехваткой рыбной муки, мировое производство которой составляет всего 5-6 млн т в год, из-за ограниченности ресурсов мирового океана, — добавляет Сергей Глухих. — К тому же на рынке часто встречается фальсифицированная продукция». 

Ещё одна причина, которую выделяет Сергей Глухих, — уничтожение в процессе перестройки биотехнологической промышленности, которая некогда планировала полностью обеспечить сельское хозяйство БВК, производимыми на гидролизных и биохимических заводах, а также заводах БВК, работавших на очищенных парафинах нефти и лёгких углеводородах. 

Кроме того, к дефициту, по его мнению, привело уничтожение заводов по производству кристаллической аминокислоты — лизина, который мы сегодня импортируем (в основном из Китая), причём в более примитивном виде лизин сульфата. Хотя, добавляет Сергей Глухих, в последнее время в России стали уделять внимание развитию данного направления — введены в строй несколько заводов по производству лизина.

Он сообщил, что в результате сложившейся ситуации зоотехники восполняют дефицит кормового белка за счёт сои, в большинстве случаев генномодифицированной, или же добавляя в корма больше зерновых составляющих, что неэффективно и экономически не выгодно.

«Поскольку климатические условия многих регионов нашей страны не подходят для выращивания сои,  большую её часть на рынке традиционно составляет импорт, — напоминает Алексей Аблаев. — И, несмотря на то что в последние годы посевы сои в России растут, дефицит кормовых белков продолжает оставаться проблемой, вынуждающей специалистов искать другие источники получения протеинов».

Где взять кормовой белок? 

По оценке Евгения Лунеева, члена совета директоров компании «Протелюкс» (производство кормового протеина из природного газа), объём мирового рынка кормовых протеинов достигает $ 30-40 млрд. При этом рынок протеинов животного происхождения составляет $ 18-25 млрд. К слову, основной объём выпуска сегодня приходится на рыбную муку ($ 8-10 млрд). Однако, как признаёт специалист, дальнейший рост производства рыбной муки сдерживается ограниченными объёмами водных биоресурсов мирового океана, которые можно вылавливать без угрозы нарушения экологического баланса.

Это, по его мнению, позволяет предположить, что основной рост производства будет обеспечиваться за счёт одноклеточных протеинов — водорослей, бактерий, грибов, дрожжей. Ожидается, что среднегодовые темпы роста сегмента превысят 8 %.

Сергей Глухих рассказал, что современная наука (в первую очередь, биотехнология) позволяет производить белок из широкого ассортимента сырья. Главное, чтобы это сырьё было доступно и стоило как можно меньше. Так, в качестве сырья могут выступать отходы перерабатывающей промышленности (мясопереработки, молочной, масложировой, мукомольной промышленности и др.) и сельского хозяйства.

«Уникальным источником протеина в рационах животных и птицы является дрожжевой белок из отходов пищевых и перерабатывающих производств:  свекловичный и спиртовой жом, пивная дробина, спиртовая барда, различные кофейные жмыхи, отходы крахмало-паточного производства», — считает Сергей Перегудов, генеральный директор компании «Биокомплекс» (утилизация и переработка отходов). По его словам, получение белка путём их переработки позволяет увеличить объёмы производства более дешёвых кормовых добавок.

Однако, как замечает специалист, высокая волатильность цен на зерно в России не позволяет делать прогнозы на среднесрочную и дальнесрочную перспективу (хотя бы на ближайшие 5-10 лет) при реализации инвестиционных проектов, например, по переработке спиртовой барды и пивной дробины. «Поэтому тем, кто занимается такими проектами, интереснее ориентироваться на экспорт, который к тому же выгодно отличается высоким уровнем экспортных цен, — уверен он. — Кроме того, в европейских и азиатских странах, в отличие от России, альтернативные белки уже давно присутствуют в рецептуре кормов для сельскохозяйственных животных и пользуются повышенным спросом».

Так, по данным Сергея Перегудова, в Европе доля зерновых в структуре корма составляет 50-70 %, а остальные 50-30 % приходятся на альтернативный белок, полученный преимущественно путём переработки отходов пищевых производств. Тогда как в российском кормопроизводстве превалирует зерновое сырьё, доля которого доходит порой до 90 %.

По мнению Сергея Глухих, самым перспективным направлением в настоящее время является производство БВК из природного газа и его гомологов, а также из сжигаемого на нефтяных месторождениях попутного нефтяного газа (ПНГ), шахтного метана и биогаза. Специалист уверен, что зоотехники всех направлений животноводства помнят этот белок: в советское время он назывался гаприн. 

Поясним, в чём заключается суть процесса производства. Метанотрофные («поедающие метан») бактерии в подходящих условиях активно перерабатывают природный газ, быстро размножаются и наращивают свою биомассу, богатую ценным белком, витаминами и иными биологически активными веществами. 

По словам Сергея Глухих, разработки в этой области начали вестись ещё в 60-х годах прошлого века. Ранее подобные корма пытались получать из нефти, но состав сырья не позволял гарантировать экологическую безопасность конечного продукта. Требовалось проведение глубокой очистки, что существенно повышало его себестоимость. «В современном, доработанном виде данная технология позволяет решить проблемы, связанные с экологией и охраной природы, снизить цену БВК, сделав его более доступным, и в конечном итоге снизить цену продуктов питания», — подчёркивает специалист. 

Алексей Аблаев также считает, что получение кормовых белков из бактерий и газа является растущим сегментом рынка с большим потенциалом.

«К сожалению, подобные проекты нуждаются в инвестициях, которых современной отечественной биотехнологии критически не хватает, — добавляет Вячеслав Лень, генеральный директор компании «Метаника». — Если в Советском Союзе было создано целое министерство, курирующее данную сферу, то сейчас развитием технологии пытаются заниматься буквально несколько компаний».

Белок из газа

Проектов по производству биопротеина мало, но тем не менее они есть. Так, Алексей Аблаев рассказал, что первый в стране масштабный проект по промышленному производству кормового биопротеина был запущен в 2018 году компанией «Протелюкс», которая приобрела у датской Unibio эксклюзивную лицензию на использование в России технологии по переработке природного газа (метана) с помощью бактерий в объёме до 1 млн т в год.

Кстати, в начале декабря стало известно, что Unibio привлекла дополнительный капитал от корпорации Mitsubishi, которая планирует инвестировать средства в том числе в производство белка из метана.

Как объяснил Евгений Лунеев, биопротеин представляет собой нейтральный порошок, содержащий в составе до 72-75 % аминокислот (протеина), при этом источником белка является бактерия Methylococcus capsulatus, питающаяся природным газом. Он производится при помощи естественного процесса и не содержит токсинов. Технология экологически безопасна: выбросы углерода и азота при производстве сведены к минимуму.

По словам члена совета директоров «Протелюкса», технологический процесс разделён на несколько этапов. На первом газы вводятся в петлю ферментера и перемешиваются с жидкостью, пока не разделятся в свободном пространстве петли. Промышленный чистый кислород используется для процесса ферментации. Затем раствор из воды и химикатов добавляют в ферментер. Химикаты регулируют pН. После гомогенизации биомассу высушивают в сушилке и хранят в мешках или бункерах. Как заявляют авторы проекта, на производство 105 тыс. т продукции затрачивается 220 млн куб. м природного газа в год.

В 2020 году завод, расположенный в г. Ивангороде Ленинградской области, планируется вывести на мощность 5,8 тыс. т готовой продукции в год с возможностью увеличения до 20 тыс. т. Пока он находится в стадии опытно-промышленной эксплуатации. Ведутся переговоры с производителями кормов о продаже готовой продукции. Отгружено несколько тестовых партий. «По содержанию белка биопротеин близок к рыбной муке и по цене будет сопоставим», — обещает Евгений Лунеев.

В рамках развития проекта в течение следующих 10 лет предполагается построить до 10 заводов по выпуску биопротеина. «На базе технологии в России будет создана новая высокотехнологичная отрасль с оборотом более $ 1,5 млрд», — заявляет член совета директоров «Протелюкса». Также в планах компании обеспечение выхода продукции на экспортный рынок объёмом $ 12-15 млрд. 

«Если “Протелюкс” реализует свои планы в полном объёме, то потребность в других аналогичных проектах в России отпадёт. Но пока на рынке есть место для всех, кто сумеет предложить протеин по разумной цене: от дрожжевых протеинов до протеина из газа», — уверен Алексей Аблаев.

К слову, новые проекты не заставили себя ждать. Так, компания «Метаника» заявила о реализации на территории индустриального парка Свободной экономической зоны Севастополя проекта по созданию научно-технологического производственного комплекса по получению белка из метана — НТПК «Метан-Крым». 

По словам генерального директора «Метаники» Вячеслава Лень, изначально проект в своей основе базировался на том уровне технологии и оборудования, который был достигнут на полупромышленной установке, работавшей в Светлом Яре до 1995 года. Но в нынешнем виде технология существенно отличается от Светлого Яра, а также от решения датской Unibio и американской Calysta. Последняя, кстати купила норвежскую компанию BioProtein A/S. и привлекла к реализации проекта инвесторов, в числе которых Cargill и Mitsui Group.

«У нас нет внешнего рецикла КЖ (культуральной жидкости), и мы работаем на воздухе, а не на кислороде, что обеспечивает экономию электроэнергии, а это одна из основных составляющих в себестоимости биопротеина, — рассказал Вячеслав Лень про особенности используемой технологии. — На предприятии отказались от барботажного перемешивания, угнетающего клетки микроорганизмов. Кроме того, на новой производственной площадке нет контура охлаждения в ферментере (это ноу-хау компании) и нет постферментационного газа, как в Светлом Яре, благодаря чему можно производить тонну белка, тратя не более 2 тыс. куб. м газа». 

Также применяется совершенно другой подход к производственной культуре микроорганизмов. «У нас она смешанная, т. е. состоит из нескольких штаммов, каждый из которых выполняет свою важную роль, работая на результат, — объясняет руководитель проекта. — А всё внутреннее ламинарно-вихревое движение КЖ осуществляется за счёт применения ещё одного ноу-хау — специально разработанной смешивающей аэрирующей головки. Кстати, питательную среду мы можем готовить даже на морской воде». 

В итоге, по его словам, удаётся получить продукт с высокой долей сырого протеина в составе — 77-79 %. Содержание в нём незаменимых аминокислот, витаминов, микроэлементов несколько выше, чем в рыбной муке. При этом цена конечного продукта, по прогнозу Вячеслава Лень, будет ниже. Что касается экономической составляющей, то, по расчётам компании, себестоимость производства не превысит $ 1 тыс. за тонну белка, а цена реализации составит более $ 1 тыс. за тонну. 

Однако животноводческим предприятиям не стоит тешить себя надеждой, что стоимость кормов снизится благодаря применению альтернативных источников белка. «О сокращении затрат на 1 кг корма за счёт альтернативного белка речи не идёт, — предостерегает Алексей Аблаев. — Речь главным образом идёт о том, чтобы они не выросли». 

В лучшем случае, по его прогнозам, затраты останутся на том же уровне. Но при отсутствии конкуренции со стороны других поставщиков протеина, цены однозначно будут расти. «Многое зависит от урожая сои и колебания цен на рынке — всё это оказывает влияние на остальные протеины», — добавляет Алексей Аблаев. Эксперт также подчёркивает, что стоимость кормового белка тесно связана с составом продукта, количеством протеина и его усвояемостью.

После ввода предприятия в эксплуатацию, а может быть, и значительно раньше, «Метаника» планирует войти в Союз производителей комбикормов, а также другие отраслевые союзы, что, как ожидает Вячеслав Лень, полностью решит вопрос сбыта готовой продукции. «Являясь научно-производственной компанией, мы видим заинтересованность потенциальных заказчиков в оборудовании для производства белка из метана», — отмечает он. По оценкам компании, спрос на новый продукт только в России составит не менее 400-500 тыс. т в год.

Ещё один проект, о котором необходимо рассказать, стоит несколько особняком от остальных и подразумевает превращение органических отходов газификацией в синтез-газ для синтеза метанола с последующим получением полноценных кормовых белков меприна, эприна. Также дополнительно можно синтезировать такие продукты, как этанол, водород и синтетическое экологическое топливо. 

«По такой технологии утилизации отходов птицеводства и животноводства реально получить в год из 150 тыс. т отходов 30 тыс. т кормового белка меприна или эприна», — заверяет Игорь Жарков, технический директор московского офиса компании RNR (проектирование и строительство заводов по газификации ТБО, отходов птицеводства, медицинских отходов, иловых осадков).

Проект включает в себя три составляющие: экологически безопасную утилизацию органических отходов без вредных выбросов и захоронений, превращение их в высококачественный кормовой белок, обеспечение птицефабрики или животноводческой фермы электроэнергией и теплом. «Таким образом аграрии могут значительно снизить себестоимость производства и не зависеть от поставщиков электроэнергии, тепла и белковых кормовых добавок», — отмечает Игорь Жарков. Он напоминает, что в себестоимости производства, например, мяса птицы, затраты на электро- и тепловую энергию составляют 7-10%, а затраты на корм достигают 50-65%.

Технологическая схема выглядит следующим образом. Сначала пиролизом утилизируется 85-95 % органики помёта и подстилки, а также другие производственные и бытовые отходы, вследствие чего получают пиролизный газ. Около 5-15 % золы идёт в минеральные удобрения и минерализируется в строительный песок. Дальше с помощью плазмы пиролизный газ преобразуется в синтез-газ, который, в свою очередь, перерабатывается в метанол и электроэнергию. После чего метанол перерабатывается в кормовой белок. Применяется полностью водооборотное снабжение водой и очистка воды с окислением в свехкритическом состоянии, что полностью предохраняет водоёмы от попадания вредных веществ.

Как объяснил Игорь Жарков, кормовой белок из метанола представляет собой инактивированную бактериальную биомассу ацидофильных метилотрофных бактерий, выращиваемых на средах, содержащих метанол. Специалист отмечает, что по качеству он соответствует кормовым белкам животного происхождения (рыбной и мясокостной муке). Продукт характеризуется высоким уровнем сырого протеина (не менее 70 %) и содержит весь комплекс витаминов группы В. Его продуцентом является факультативный метилотроф Acetobacter methylicum ВСБ-867. Штамм выделен из почвы, не патогенен и не токсичен.

«Технология позволяет получать полноценные белки из бесконечного источника — отходов, которые необходимо утилизировать для сохранения природы и здоровья людей. Кроме того, получаемые кормовые белки будут иметь конкурентную цену на рынке», — заключает Игорь Жарков.

Взгляд в будущее

«Для того чтобы получить растительный белок, нужны тысячи гектаров пахотной земли и огромный труд многих сельхозтоваропроизводителей, — рассуждает Вячеслав Лень, сравнивая различные источники альтернативных белков. — В то время как на производстве БВК трудятся миллиарды дрожжевых и бактериальных микроорганизмов, а процесс удвоения биомассы происходит в течение нескольких часов». 

Он подчёркивает, что синтетический белок получают пока только в научных целях химики, а вот биотехнология способна производить белок природный, т. к. в качестве накопительных культур используются штаммы микроорганизмов, первоначально взятые у природы с доработкой их продуктивности до норм рентабельного предприятия. 

Вячеслав Лень уверен: наиболее выгодной и перспективной технологией производства альтернативного кормового белка для нашей страны является та, что базируется на самом массовом, доступном, стабильном и недорогом сырье, а в России это — природный газ. «Диверсифицируя часть экспортных объёмов и перерабатывая газ в белок, мы способны не только решить проблемы с кормами и продуктами питания в стране, но и стать экспортёрами альтернативного белка с очень приличной добавленной стоимостью по сравнению с сырьевым экспортом», — заключает он. 

Заместитель директора по развитию ГК «ЗООПРОТЕИН» (производство кормов для животных из личинок мух) Алексей Истомин считает, что микробный белок (гаприн) как технология может глобально изменить рынок. «Но всё же одно дело — производить белок из природного сырья (метана), и совсем другое — использовать отходы для производства кормов», — делает оговорку специалист. 

Он напоминает, что рано или поздно природных ресурсов будет недостаточно, или же их использование нарушит природный баланс. «В случае с гаприном, опять же, используются природные ресурсы, и, хотя сегодня их много, в будущем, возможно, наступит та же дилемма», — не исключает Алексей Истомин.

Поэтому совершенно другое дело, по его мнению, — использование отходов, которые всегда будут в достаточном количестве. «С одной стороны, благодаря совершенствованию технологий объём отходов будет сокращаться, с другой, рост мирового населения будет способствовать его увеличению. В итоге эти два процесса уравновесят друг друга», — прогнозирует Истомин. Специалист уверен, что уже сейчас нужно решить задачу, как использовать отходы с максимальной выгодой. 

В свою очередь, Алексей Аблаев полагает, что производство протеинов из газа гораздо рентабельнее, чем, например, из насекомых или микроводорослей. Тем более если у компании есть доступ к месторождениям, позволяющим получить дешёвый газ (сырьё).  «При этом технологически такие проекты намного сложнее, и рисков больше, — отмечает Аблаев. — Метан в сочетании с кислородом под высоким давлением — взрывоопасная смесь и рецепт для катастрофы, поэтому такими проектами должны заниматься исключительно профессионалы».

В любом случае проблем со сбытом конечного продукта после запуска подобных предприятий не возникнет, убеждён президент Российской биотопливной ассоциации.  «При разумном соотношении качества и цены альтернативные протеины наверняка будут востребованы. Основными потребителями станут крупные агропромышленные предприятия и производители комбикормов», — говорит он.

Однако генеральный директор компании «Биокомплекс» Сергей Перегудов не разделяет оптимизма коллеги. «Вертикально-интегрированным холдингам интереснее расширять посевные площади и инвестировать в производство зернового белка, а не усложнять жизнь рискованными проектами. Да и зачем, если есть своё дешёвое зерно?» — задаёт он риторический вопрос.

Сейчас, по мнению Сергея Перегудова, надо сфокусироваться на точках роста, которые лежат на поверхности и не требуют больших затрат. «Например, в  РФ доля орошаемых земель составляет около 13 %, тогда как в мире орошается 48 % полей. Чувствуете точку роста? Достаточно установить дождевальную машину, и урожайность сои повысится на 150 %, пшеницы — на 100 %, кукурузы — на 150 %», — утверждает глава «Биокомплекса». Тем более, продолжает он, сегодня действует ведомственная программа «Развитие мелиоративного комплекса России» на 2020-2022 годы, предусматривающая субсидирование затрат на орошение в рамках одного проекта от 30 до 50 % в зависимости от региона.

Ещё один риск проектов по получению альтернативного белка — общественное мнение. Вернее, как уточняет Сергей Перегудов, потребительские фобии, сформированные СМИ, которые заставляют в штыки воспринимать все альтернативные, нетрадиционные продукты. «И как, например, в свете растущего тренда на экологизацию Группа “Черкизово”, продвигающая концепцию “от поля до прилавка”, впишет в свою зерновую цепочку альтернативный белок, синтезированный из отходов или природного газа? Как объяснит это потребителям?» — вопрошает Сергей Перегудов.

По мнению Алексея Аблаева, негативное отношение к альтернативному белку может исходить от экологов и определённой категории людей, которые любят поднимать панику, как только появляется новый продукт или технология. «Они либо не располагают достаточными знаниями, либо находятся во власти предрассудков и не способны здраво смотреть на вещи, — предполагает президент Российской биотопливной ассоциации. — Хотя есть и третий вариант: их мнение проплачено компанией, которая действует в своих интересах. Яркий пример — история с запретом ГМО».

Теоретически, рассуждает он, выступать против альтернативных способов получения белка выгодно российским компаниям, импортирующим сою из Южной Америки. Хотя пока масштабы производства протеина несопоставимы с объёмами импорта — несколько тысяч тонн картину на рынке не изменят. Пока это, скорее, экспериментальные проекты.

Загрузка…

Обзор анализа белок-белкового взаимодействия | Thermo Fisher Scientific

Белки контролируют все биологические системы в клетке, и хотя многие белки выполняют свои функции независимо, подавляющее большинство белков взаимодействуют с другими для обеспечения надлежащей биологической активности. Характеристика белок-белковых взаимодействий с помощью таких методов, как коиммунопреципитация (ко-IP), анализ методом «pull-down», перекрестное связывание, перенос метки и дальневестерн-блот-анализ имеет решающее значение для понимания функции белка и биологии клетки.

Посмотреть все продукты для анализа взаимодействия белков

---

Введение в белок-белковые взаимодействия

Белки — это рабочие лошадки, которые способствуют большинству биологических процессов в клетке, включая экспрессию генов, рост клеток, пролиферацию, поглощение питательных веществ, морфологию, подвижность, межклеточную коммуникацию и апоптоз.Но клетки реагируют на множество стимулов, и поэтому экспрессия белка — это динамический процесс; белки, которые используются для выполнения определенных задач, не всегда могут быть экспрессированы или активированы. Кроме того, не все клетки равны, и многие белки экспрессируются в зависимости от типа клетки. Эти основные характеристики белков предполагают сложность, которую может быть трудно исследовать, особенно при попытке понять функцию белка в надлежащем биологическом контексте.

Критические аспекты, необходимые для понимания функции белка, включают:

• Последовательность и структура белка — используется для обнаружения мотивов, которые предсказывают функцию белка
• История эволюции и консервативные последовательности — идентифицирует ключевые регуляторные остатки
• Профиль экспрессии — выявляет специфичность клеточного типа и то, как регулируется экспрессия
• Посттрансляционные модификации — фосфорилирование, ацилирование, гликозилирование и убиквитинирование предполагают локализацию, активацию и / или функцию
• Взаимодействие с другими белками — функция может быть экстраполирована, зная функцию партнеров по связыванию
• Внутриклеточная локализация — может указывать на функцию белка

До конца 1990-х годов анализ функции белков в основном фокусировался на отдельных белках.Однако, поскольку большинство белков взаимодействуют с другими белками для правильного функционирования, их следует изучать в контексте их взаимодействующих партнеров, чтобы полностью понять их функцию. С публикацией генома человека и развитием области протеомики понимание того, как белки взаимодействуют друг с другом, и определение биологических сетей стало жизненно важным для понимания того, как белки функционируют в клетке.

Справочник по приготовлению белков

Узнайте больше о том, как обессоливать, заменять буфер, концентрировать и / или удалять загрязняющие вещества из образцов белка, иммунопреципитации и других методах очистки и очистки белков с помощью различных инструментов биологии белков Thermo Scientific в этом 32-страничном справочнике.

• Иммунопреципитация (IP), co-IP и хроматин-IP
• Теги очистки рекомбинантного белка
• Безопасный диализ образцов белка с помощью диализных кассет и устройств Slide-A-Lyzer
• Быстрое обессоливание образцов с высоким извлечением белка с использованием спиновых обессоливающих колонн и пластин Zeba
• Эффективное удаление определенных загрязняющих веществ с помощью смол, оптимизированных для удаления моющих средств или эндотоксинов
• Концентрируйте разбавленные образцы белка быстро с помощью концентраторов белка Pierce

---

Типы белок-белковых взаимодействий

Белковые взаимодействия принципиально характеризуются как стабильные или временные, и оба типа взаимодействия могут быть как сильными, так и слабыми.Стабильные взаимодействия связаны с белками, очищенными как мульти-субъединичные комплексы, и субъединицы этих комплексов могут быть идентичными или разными. Гемоглобин и ядерная РНК-полимераза являются примерами многосубъединичных взаимодействий, которые образуют стабильные комплексы.

Ожидается, что временные взаимодействия будут контролировать большинство клеточных процессов. Как следует из названия, временные взаимодействия носят временный характер и обычно требуют набора условий, которые способствуют взаимодействию, таких как фосфорилирование, конформационные изменения или локализация в дискретных областях клетки.Временные взаимодействия могут быть сильными или слабыми, быстрыми или медленными. Находясь в контакте со своими партнерами по связыванию, временно взаимодействующие белки участвуют в широком спектре клеточных процессов, включая модификацию белков, транспорт, фолдинг, передачу сигналов, апоптоз и клеточный цикл. В следующем примере проиллюстрированы белковые взаимодействия, которые регулируют апоптотические и антиапоптотические процессы.

Тяжелое белок-белковое взаимодействие BAD. Панель A: окрашенный кумасси гель SDS-PAGE рекомбинантного легкого и тяжелого BAD-GST-HA-6xHIS, очищенный из лизатов HeLa IVT (L) с использованием тандемного сродства глутатионовой смолы (E1) и кобальтовой смолы (E2). Показан расход (FT) из каждого столбца. Панель B: Схема фосфорилирования BAD и белковых взаимодействий во время выживания и гибели клеток (т.е. апоптоза). Панель C: покрытие последовательности белка BAD, показывающее идентифицированные сайты консенсусного фосфорилирования Akt (красный прямоугольник). Панель D: МС-спектры меченного стабильным изотопом BAD пептида HSSYPAGTEDDEGmGEEPSPFr.

---

Белки связываются друг с другом посредством комбинации гидрофобных связей, сил Ван-дер-Ваальса и солевых мостиков в специфических связывающих доменах каждого белка. Эти домены могут быть небольшими связывающими щелями или большими поверхностями и могут состоять всего из нескольких пептидов или состоять из сотен аминокислот. На силу связывания влияет размер связывающего домена. Одним из примеров общего поверхностного домена, который способствует стабильным межбелковым взаимодействиям, является лейциновая молния, которая состоит из α-спиралей на каждом белке, которые связываются друг с другом параллельным образом посредством гидрофобного связывания регулярно расположенных остатков лейцина на каждом α -спираль, которая выступает между соседними спиральными пептидными цепями.Из-за плотной молекулярной упаковки лейциновые молнии обеспечивают стабильное связывание для мультибелковых комплексов, хотя все лейциновые молнии не связываются одинаково из-за нелейциновых аминокислот в α-спирали, которые могут уменьшить молекулярную упаковку и, следовательно, прочность взаимодействие.

Два домена гомологии Src (SH), Sh3 и Sh4, являются примерами общих временных связывающих доменов, которые связывают короткие пептидные последовательности и обычно обнаруживаются в сигнальных белках. Домен Sh3 распознает пептидные последовательности с фосфорилированными остатками тирозина, которые часто указывают на активацию белка.Домены Sh3 играют ключевую роль в передаче сигналов рецептора фактора роста, во время которой лиганд-опосредованное фосфорилирование рецептора по остаткам тирозина привлекает нижестоящие эффекторы, которые распознают эти остатки через их домены Sh3. Домен Sh4 обычно распознает богатые пролином пептидные последовательности и обычно используется киназами, фосфолипазами и GTPases для идентификации белков-мишеней. Хотя оба домена Sh3 и Sh4 обычно связываются с этими мотивами, специфичность для различных белковых взаимодействий диктуется соседними аминокислотными остатками в соответствующем мотиве.

---

Биологические эффекты белок-белковых взаимодействий

Результат двух или более белков, которые взаимодействуют с определенной функциональной целью, можно продемонстрировать несколькими различными способами.Измеримые эффекты белковых взаимодействий описаны следующим образом:

• Изменять кинетические свойства ферментов, что может быть результатом незначительных изменений связывания субстрата или аллостерических эффектов
• Обеспечение канализации субстрата путем перемещения субстрата между доменами или субъединицами, что в конечном итоге приводит к желаемому конечному продукту
• Создать новый сайт связывания, обычно для малых эффекторных молекул
• Инактивировать или разрушить белок
• Изменение специфичности белка в отношении его субстрата посредством взаимодействия с различными партнерами по связыванию, e.g., продемонстрировать новую функцию, которую ни один белок не может проявлять по отдельности.
• Выполнять регулирующую роль как в восходящем, так и в нисходящем событии

---

Общие методы анализа белок-белковых взаимодействий

Обычно для проверки, характеристики и подтверждения белковых взаимодействий необходимо сочетание методов.Ранее неизвестные белки могут быть обнаружены по их ассоциации с одним или несколькими известными белками. Анализ взаимодействия белков может также выявить уникальные, непредвиденные функциональные роли хорошо известных белков. Обнаружение или проверка взаимодействия — это первый шаг на пути к пониманию того, где, как и при каких условиях эти белки взаимодействуют in vivo и функциональные последствия этих взаимодействий.

Хотя различных методов и подходов к изучению межбелковых взаимодействий слишком много, чтобы описывать их здесь, приведенная ниже таблица и оставшаяся часть этого раздела посвящены общим методам анализа межбелковых взаимодействий и типам взаимодействий, которые могут быть изучены с использованием каждого из них. метод.Таким образом, стабильные белок-белковые взаимодействия легче всего выделить физическими методами, такими как коиммунопреципитация и анализ методом pull-down, поскольку белковый комплекс не распадается с течением времени. Слабые или временные взаимодействия могут быть идентифицированы с использованием этих методов, сначала ковалентно сшивая белки, чтобы заморозить взаимодействие во время co-IP или pull-down. В качестве альтернативы, перекрестное сшивание, наряду с переносом метки и анализом дальнего вестерн-блоттинга, можно проводить независимо от других методов для выявления межбелковых взаимодействий.

Общие методы анализа различных типов белковых взаимодействий

Метод	Белковые взаимодействия
Коиммунопреципитация (co-IP)	Стабильный или прочный
Нисходящий анализ	Стабильный или прочный
Анализ взаимодействия сшивающихся белков	Кратковременный или слабый
Анализ взаимодействия белков переноса метки	Кратковременный или слабый
Дальневосточный блот-анализ	Умеренно стабильный

---

Коиммунопреципитация (ко-IP)

Коиммунопреципитация (co-IP) — популярный метод обнаружения взаимодействия белков.Co-IP проводится по существу так же, как иммунопреципитация (IP) одного белка, за исключением того, что целевой белок, осажденный антителом, также называемый «приманкой», используется для совместного осаждения комплекса связывающий партнер / белок. , или «добыча», из лизата. По существу, взаимодействующий белок связывается с антигеном-мишенью, который связывается антителом, иммобилизованным на носителе. Иммунопреципитированные белки и их партнеры по связыванию обычно обнаруживаются электрофорезом в полиакриламидном геле с додецилсульфатом натрия (SDS-PAGE) и вестерн-блоттингом.Предположение, которое обычно делается при соосаждении связанных белков, состоит в том, что эти белки связаны с функцией антигена-мишени на клеточном уровне. Однако это только предположение, которое подлежит дальнейшей проверке.

Совместная иммунопреципитация циклина B и Cdk1 . Магнитные гранулы Thermo Scientific Pierce Protein A / G связываются с антителом Cdk1 в комплексе с Cdk1. Циклин B связан с Cdk1 и захватывается вместе со своим партнером по связыванию.

---

Pull-down анализы похожи по методологии на коиммунопреципитацию, поскольку для очистки взаимодействующих белков используется подложка из гранул. Однако разница между этими двумя подходами заключается в том, что в то время как co-IP использует антитела для захвата белковых комплексов, в методах «pull-down» используется белок «приманка» для очистки любых белков в лизате, которые связываются с приманкой.Нисходящие анализы идеальны для изучения сильных или стабильных взаимодействий или тех, для которых нет антител для коиммунопреципитации.

Общая схема анализа методом «выпадающего списка». Нисходящий анализ — это мелкомасштабная методика аффинной очистки, аналогичная иммунопреципитации, за исключением того, что антитело заменяется какой-либо другой системой аффинности. В этом случае аффинная система состоит из глутатион-S-трансферазы (GST), белка или связывающего домена, меченного полигис- или стрептавидином, который захватывается глутатионом, хелатом металла (кобальт или никель) или покрытыми биотином агарозными шариками. , соответственно.Иммобилизованный белок, меченный слиянием, действует как «приманка» для захвата предполагаемого партнера по связыванию (т.е. «жертвы»). В типичном нисходящем анализе иммобилизованный белок-приманка инкубируется с клеточным лизатом, и после предписанных этапов промывки комплексы выборочно элюируются с использованием конкурирующих аналитов или буферов с низким pH или восстанавливающих буферов для анализа в геле или вестерн-блоттинга.

---

Анализ взаимодействия сшивающего белка

Большинство белок-белковых взаимодействий являются временными, лишь кратковременно происходящими как часть единственного каскада или другой метаболической функции внутри клеток.Сшивание взаимодействующих белков — это подход к стабилизации или постоянному соединению компонентов комплексов взаимодействия. Как только компоненты взаимодействия ковалентно сшиты, другие стадии (например, лизис клеток, аффинная очистка, электрофорез или масс-спектрометрия) могут быть использованы для анализа взаимодействия белок-белок при сохранении исходного взаимодействующего комплекса.

Гомобифункциональные аминореактивные сшивающие агенты могут быть добавлены к клеткам для сшивания потенциально взаимодействующих белков вместе, которые затем могут быть проанализированы после лизиса с помощью вестерн-блоттинга.Сшивающие агенты могут быть мембранопроницаемыми, такими как DSS, для сшивания внутриклеточных белков, или они могут быть непроницаемыми для мембраны, такими как BS3, для сшивания белков клеточной поверхности. Кроме того, некоторые сшивающие агенты могут быть расщеплены восстанавливающими агентами, такими как DSP или DTSSP, для обращения сшивок.

В качестве альтернативы, гетеробифункциональные сшивающие агенты, которые содержат фотоактивируемую группу, такие как продукт SDA или Sulfo-SDA, могут быть использованы для фиксации временных взаимодействий, которые могут происходить, например, после определенного стимула.Фотоактивация также может происходить после метаболического мечения фотоактивируемыми аминокислотами, такими как L-фото-лейцин или L-фото-метионин.

Сайты сшивания между белками могут быть картированы с высокой точностью с помощью масс-спектрометрии, особенно если используется расщепляемый МС сшивающий агент, такой как DSSO или DSBU.

---

Анализ взаимодействия белков переноса меток

Перенос метки включает сшивание взаимодействующих молекул (т.е.е., белки наживки и жертвы) с меченым сшивающим агентом, а затем расщепляют связь между приманкой и добычей, так что метка остается прикрепленной к жертве. Этот метод особенно ценен из-за его способности идентифицировать белки, которые слабо или временно взаимодействуют с интересующим белком. Новые неизотопные реагенты и методы продолжают делать этот метод более доступным и простым в использовании для любого исследователя.

Экспериментальная стратегия переноса биотиновой метки Sulfo-SBED и анализа методом вестерн-блоттинга.

---

Дальневосточный блот-анализ

Подобно тому, как анализы «pull-down» отличаются от ко-IP в обнаружении белок-белковых взаимодействий с использованием меченых белков вместо антител, так и анализ дальнего вестерн-блоттинга отличается от анализа вестерн-блоттингом , поскольку выявляются белок-белковые взаимодействия. путем инкубации белков, подвергнутых электрофорезу, с очищенным, меченым белком-приманкой вместо антитела, специфичного к целевому белку, соответственно.Термин «далеко» был принят, чтобы подчеркнуть это различие.

Диаграмма дальнего вестерн-блоттинга для анализа белок-белковых взаимодействий. В этом примере меченый белок-приманка используется для зондирования переносящей мембраны или геля на предмет белка жертвы. После связывания антитело, конъюгированное с ферментом (пероксидаза хрена; HRP), которое нацелено на бирку-приманку, используется для обозначения взаимодействия, которое затем обнаруживается ферментативной хемилюминесценцией. Этот общий подход может быть скорректирован с помощью немаркированного белка приманки, который обнаруживается антителами, биотинилированного белка приманки, который обнаруживается конъюгированным с ферментом стрептавидина, или меченного радиоактивным изотопом белка приманки, обнаруживаемого при экспонировании на пленке.

---

1. Golemis E (2002) Белковые взаимодействия: руководство по молекулярному клонированию. Колд-Спринг-Харбор (Нью-Йорк): Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор. p ix, 682.
2. Phizicky EM, Fields S (1995) Белковые взаимодействия: методы обнаружения и анализа. Microbiol Rev 59: 94–123.

сетей белок-белкового взаимодействия | Сетевой анализ данных взаимодействия белков

Белковые взаимодействия (ИПП) необходимы почти для каждого процесса в клетке, поэтому понимание ИПП имеет решающее значение для понимания физиологии клетки в нормальном и болезненном состояниях. Это также важно при разработке лекарств, поскольку лекарства могут влиять на ИПП. Сети межбелкового взаимодействия (PPIN) — это математические представления физических контактов между белками в клетке.Эти контакты:

• специфичны
• встречаются между определенными областями связывания в белках
• имеют особое биологическое значение (т.е. они служат определенной функции)

Информация PPI может представлять как временные, так и стабильные взаимодействия:

• Стабильные взаимодействия образуются в белковых комплексах (например, рибосома, гемоглобин)
• Временные взаимодействия — это короткие взаимодействия, которые модифицируют или переносят белок, приводя к дальнейшим изменениям (например,грамм. протеинкиназы, импортины ядерных пор). Они составляют наиболее динамичную часть интерактома

Знание PPI может быть использовано для:

• назначить предполагаемые роли неохарактеризованным белкам
• добавить подробные сведения об этапах сигнального пути
• охарактеризовать отношения между белками, которые образуют многомолекулярные комплексы, такие как протеасома

Интерактом

Интерактом — это совокупность ИПП, которые происходят в клетке, организме или конкретном биологическом контексте.Разработка крупномасштабных методов скрининга PPI, особенно высокопроизводительной аффинной очистки в сочетании с масс-спектрометрией и дрожжевым двухгибридным анализом, вызвала взрывной рост количества данных PPI и создание все более сложных и полных взаимодействий ( Рисунок 16). Это экспериментальное свидетельство дополняется доступностью алгоритмов прогнозирования PPI. Большая часть этой информации доступна через базы данных молекулярных взаимодействий, такие как IntAct.

Фигура 16 Дрожжевые (слева) и человеческие (справа) интерактомы, полученные с использованием метода двух гибридных дрожжей.Изображения перепечатаны с разрешения Macmillan Publishers Ltd: Jeong et al. Nature 2001. 411 (3) и Rual et al. Природа 2005: 437 (4).

Важно еще раз подчеркнуть ограниченность имеющихся данных PPI. Наши текущие знания об интерактоме неполные и шумные . Методы обнаружения PPI имеют ограничения относительно того, сколько действительно физиологических взаимодействий они могут обнаружить, и все они обнаруживают ложные положительные и отрицательные результаты.

На следующих нескольких страницах мы рассмотрим некоторые свойства сетей белок-белкового взаимодействия и значение этих свойств для биологии.

Сети межбелкового взаимодействия: изучение механизмов болезни с помощью модельных систем | Genome Medicine

1.

Bonetta L: Белковые взаимодействия: строится интерактом. Природа. 2010, 468: 851-854. 10.1038 / 468851a

CAS Статья PubMed Google ученый

2.

Venkatesan K, Rual JF, Vazquez A, Stelzl U, Lemmens I, Hirozane-Kishikawa T., Hao T., Zenkner M, Xin X, Goh KI, Yildirim MA, Simonis N, Heinzmann K, Gebreab F, Sahalie JM, Cevik S, Simon C, de Smet AS, Dann E, Smolyar A, Vinayagam A, Yu H, Szeto D, Borick H, Dricot A, Klitgord N, Murray RR, Lin C, Lalowski M, Timm J, et al.: Эмпирическая основа для бинарного сопоставления интерактомов. Нат методы. 2009, 6: 83-90. 10.1038 / nmeth.1280

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

3.

Brown CJ, Lain S, Verma CS, Fersht AR, Lane DP: Пробуждающиеся ангелы-хранители: введение препарата в путь p53. Nat Rev Рак. 2009, 9: 862-873. 10.1038 / nrc2763

CAS Статья PubMed Google ученый

4.

Joerger AC, Fersht AR: Спасение структуры-функции: разнообразная природа распространенных мутантов рака p53. Онкоген. 2007, 26: 2226-2242. 10.1038 / sj.onc.1210291

CAS Статья PubMed Google ученый

5.

Брук М.А., Нитою Д., Келселл Д.П.: Связь между клетками: десмосомы и болезни. J Pathol. 2012, 226: 158-171. 10.1002 / path.3027

CAS Статья PubMed Google ученый

6.

Forman MS, Trojanowski JQ, Lee VM: Нейродегенеративные заболевания: десятилетие открытий прокладывает путь терапевтическим прорывам. Nat Med. 2004, 10: 1055-1063. 10,1038 / нм1113

CAS Статья PubMed Google ученый

7.

Росс К.А., Пуарье М.А.: Агрегация белков и нейродегенеративные заболевания. Nat Med. 2004, Приложение 10: S10-17.

Артикул Google ученый

8.

Ма-Лауэр Й., Лей Дж., Хильгенфельд Р., фон Брунн А: Взаимодействие вируса с хозяином — открытие противовирусного препарата. Curr Opin Virol. 2012, 2: 614-621. 10.1016 / j.coviro.2012.09.003

CAS Статья PubMed Google ученый

9.

Zheng J, Sugrue RJ, Tang K: протеомные исследования вирусов и хозяев на основе масс-спектрометрии — обзор. Анальный Чим Акта. 2011, 702: 149-159. 10.1016 / j.aca.2011.06.045

CAS Статья PubMed Google ученый

10.

Kaake RM, Wang X, Huang L: Профилирование сетей взаимодействия белков белковых комплексов с использованием аффинной очистки и количественной масс-спектрометрии. Протеомика клеток Mol. 2010, 9: 1650-1665. 10.1074 / mcp.R110.000265

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

11.

Рамисетти С.Р., Уошберн М.П.: Определение динамики взаимодействия белков с помощью количественной масс-спектрометрии. Crit Rev Biochem Mol Biol.2011, 46: 216-228. 10.3109 / 10409238.2011.567244

CAS Статья PubMed Google ученый

12.

Сардиу М.Э., Уошберн М.П.: Построение сетей белок-белкового взаимодействия с помощью инструментов протеомики и информатики. J Biol Chem. 2011, 286: 23645-23651. 10.1074 / jbc.R110.174052

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

13.

Гэвин А.С., Маеда К., Кунер С.: Последние достижения в построении диаграмм межбелкового взаимодействия: подходы, основанные на масс-спектрометрии.Curr Opin Biotechnol. 2011, 22: 42-49. 10.1016 / j.copbio.2010.09.007

CAS Статья PubMed Google ученый

14.

Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann , Goedde A, Toksoz E, Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W., Lehrach H, Wanker EE: Сеть взаимодействия белков и белков человека: ресурс для аннотирования протеома.Клетка. 2005, 122: 957-968. 10.1016 / j.cell.2005.08.029

CAS Статья PubMed Google ученый

15.

Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T., Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein С., Розенберг Дж., Голдберг Д.С., Чжан Л.В., Вонг С.Л., Франклин Дж., Ли С., Альбала Дж. С., Лим Дж., Фраугтон С., Лламозас Е., Чевик С., Бекс С., Ламеш П., Сикорски Р.С., Ванденхаут Дж., Зогби Х.Й., и другие.: К карте протеомного масштаба сети белок-белкового взаимодействия человека. Природа. 2005, 437: 1173-1178. 10.1038 / nature04209

CAS Статья PubMed Google ученый

16.

Stynen B, Tournu H, Tavernier J, Van Dijck P: Разнообразие в генетике in vivo методы исследования взаимодействия белок-белок: от дрожжевой двугибридной системы до сплит-люциферазной системы млекопитающих. Microbiol Mol Biol Rev.2012, 76: 331-382.10.1128 / MMBR.05021-11

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

17.

Gingras AC, Gstaiger M, Raught B, Aebersold R: Анализ белковых комплексов с помощью масс-спектрометрии. Nat Rev Mol Cell Biol. 2007, 8: 645-654. 10.1038 / nrm2208

CAS Статья PubMed Google ученый

18.

Gillet LC, Navarro P, Tate S, Rost H, Selevsek N, Reiter L, Bonner R, Aebersold R: Целевое извлечение данных из спектров МС / МС, созданных независимым сбором данных: новая концепция для последовательный и точный протеомный анализ.Протеомика клеток Mol. 2102, 11: O111 016717-

Артикул Google ученый

19.

Пикотти П., Эберсолд Р.: Избранные протеомики, основанные на мониторинге реакций: рабочие процессы, потенциал, подводные камни и будущие направления. Нат методы. 2012, 9: 555-566. 10.1038 / nmeth.2015

CAS Статья PubMed Google ученый

20.

Банчефф М., Лемеер С., Савицкий М.М., Кустер Б.: Количественная масс-спектрометрия в протеомике: обновление критического обзора с 2007 г. по настоящее время.Anal Bioanal Chem. 2012, 404: 939-965. 10.1007 / s00216-012-6203-4

CAS Статья PubMed Google ученый

21.

Бабу М., Власблом Дж., Пу С, Го Х, Грэм С., Бин Б.Д., Бёрстон Х.Э., Визакумар Ф.Д., Снайдер Дж., Фанс С., Фонг В., Там Й.Й., Дэйви М., Хнатшак О, Баджадж Н. , Чандран С., Пунна Т., Кристополус С., Вонг В., Ю А., Чжонг Г., Ли Дж., Стэглир И., Конибир Э, Водак С.Дж., Эмили А., Гринблатт Дж. Ф .: Пейзаж взаимодействия мембранно-белковых комплексов в Saccharomyces cerevisiae .Природа. 2012, 489: 585-589. 10.1038 / природа11354

CAS Статья PubMed Google ученый

22.

Фолькель П., Ле Фау П., Ангранд П.О .: Протеомика взаимодействия: характеристика белковых комплексов с использованием тандемной аффинной очистки масс-спектрометрии. Biochem Soc Trans. 2010, 38: 883-887. 10.1042 / BST0380883

Артикул PubMed Google ученый

23.

Xu X, Song Y, Li Y, Chang J, Zhang H, An L: Метод тандемной аффинной очистки: эффективная система для очистки белковых комплексов и идентификации взаимодействия белков. Protein Expr Purif. 2010, 72: 149-156. 10.1016 / j.pep.2010.04.009

CAS Статья PubMed Google ученый

24.

Бабу М., Бутланд Дж., Погоуце О., Ли Дж., Гринблатт Дж. Ф., Эмили А. Система последовательной очистки сродства пептидов для систематического выделения и идентификации белковых комплексов из Escherichia coli .Методы Мол биол. 2009, 564: 373-400. 10.1007 / 978-1-60761-157-8_22

CAS Статья PubMed Google ученый

25.

Zeghouf M, Li J, Butland G, Borkowska A, Canadien V, Richards D, Beattie B, Emili A, Greenblatt JF: Система последовательного сродства к пептидам (SPA) для идентификации белковых комплексов млекопитающих и бактерий. J Proteome Res. 2004, 3: 463-468. 10.1021 / pr034084x

CAS Статья PubMed Google ученый

26.

Кроган, штат Нью-Джерси, Кэгни Дж., Ю Х, Чжун Дж., Го Х, Игнатченко А., Ли Дж., Пу С., Датта Н, Тикуисис А. П., Пунна Т., Перегрин-Альварес Дж. М., Шалес М., Чжан Х, Дэйви М., Робинсон, доктор медицины , Paccanaro A, Bray JE, Sheung A, Beattie B, Richards DP, Canadien V, Lalev A, Mena F, Wong P, Starostine A, Canete MM, Vlasblom J, Wu S, Orsi C и др .: Глобальный ландшафт белковые комплексы в дрожжах Saccharomyces cerevisiae . Природа. 2006, 440: 637-643. 10.1038 / nature04670

CAS Статья PubMed Google ученый

27.

Butland G, Peregrin-Alvarez JM, Li J, Yang W, Yang X, Canadien V, Starostine A, Richards D, Beattie B, Krogan N, Davey M, Parkinson J, Greenblatt J, Emili A: сеть взаимодействия, содержащая сохраненные и незаменимые белковые комплексы Escherichia coli . Природа. 2005, 433: 531-537. 10.1038 / nature03239

CAS Статья PubMed Google ученый

28.

Gavin AC, Bosche M, Krause R, Grandi P, Marzioch M, Bauer A, Schultz J, Rick JM, Michon AM, Cruciat CM, Remor M, Hofert C, Schelder M, Brajenovic M, Ruffner H , Merino A, Klein K, Hudak M, Dickson D, Rudi T, Gnau V, Bauch A, Bastuck S, Huhse B, Leutwein C, Heurtier MA, Copley RR, Edelmann A, Querfurth E, Rybin V, et al.: Функциональная организация протеома дрожжей путем систематического анализа белковых комплексов. Природа. 2002, 415: 141-147. 10.1038 / 415141a

CAS Статья PubMed Google ученый

29.

Ho Y, Gruhler A, Heilbut A, Bader GD, Moore L, Adams SL, Millar A, Taylor P, Bennett K, Boutilier K, Yang L, Wolting C, Donaldson I, Schandorff S, Shewnarane J , Vo M, Taggart J, Goudreault M, Muskat B, Alfarano C, Dewar D, Lin Z, Michalickova K, Willems AR, Sassi H, Nielsen PA, Rasmussen KJ, Andersen JR, Johansen LE, Hansen LH и др.: Систематическая идентификация белковых комплексов в Saccharomyces cerevisiae с помощью масс-спектрометрии. Природа. 2002, 415: 180-183. 10.1038 / 415180a

CAS Статья PubMed Google ученый

30.

Ито Т., Таширо К., Мута С., Одзава Р., Чиба Т., Нишизава М., Ямамото К., Кухара С., Сакаки Ю.: К карте белок-белкового взаимодействия зарождающихся дрожжей: комплексная система для изучения двугибридные взаимодействия во всех возможных комбинациях между дрожжевыми белками.Proc Natl Acad Sci USA. 2000, 97: 1143-1147. 10.1073 / pnas.97.3.1143

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

31.

Ригаут Г., Шевченко А., Рутц Б., Вильм М., Манн М., Серафин Б. Общий метод очистки белка для характеристики белковых комплексов и исследования протеома. Nat Biotechnol. 1999, 17: 1030-1032. 10.1038 / 13732

CAS Статья PubMed Google ученый

32.

Uetz P, Giot L, Cagney G, Mansfield TA, Judson RS, Knight JR, Lockshon D, Narayan V, Srinivasan M, Pochart P, Qureshi-Emili A, Li Y, Godwin B, Conover D, Kalbfleisch T., Vijayadamodar G , Ян М., Джонстон М., Филдс С., Ротберг Дж. М.: Комплексный анализ белок-белковых взаимодействий в Saccharomyces cerevisiae . Природа. 2000, 403: 623-627. 10.1038 / 35001009

CAS Статья PubMed Google ученый

33.

фон Меринг С., Краузе Р., Снел Б., Корнелл М., Оливер С.Г., Филдс С., Борк П.: Сравнительная оценка крупномасштабных наборов данных белок-белковых взаимодействий. Природа. 2002, 417: 399-403.

CAS Статья PubMed Google ученый

34.

Gavin AC, Aloy P, Grandi P, Krause R, Boesche M, Marzioch M, Rau C, Jensen LJ, Bastuck S, Dumpelfeld B, Edelmann A, Heurtier MA, Hoffman V, Hoefert C, Klein K , Худак М., Мишон А.М., Шелдер М., Ширле М., Ремор М., Руди Т., Хупер С., Бауэр А., Бауместер Т., Казари Дж., Дрюс Дж., Нойбауэр Дж., Рик Дж. М., Кустер Б., Борк П. и др.: Исследование протеома показывает модульность механизма дрожжевых клеток. Природа. 2006, 440: 631-636. 10.1038 / nature04532

CAS Статья PubMed Google ученый

35.

Брейткройц А., Чой Х, Шаром Дж. Р., Буше Л., Недува В., Ларсен Б., Лин З.Й., Брейткройц Б. Дж., Старк К., Лю Дж., Ан Дж., Дьюар-Дарч Д., Регули Т., Тан Х, Алмейда Р., Цин З.С., Поусон Т., Гинграс А.С., Несвижский А.И., Тайерс М.: Глобальная сеть взаимодействия протеинкиназы и фосфатазы в дрожжах.Наука. 2010, 328: 1043-1046. 10.1126 / science.1176495

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

36.

Jager S, Cimermancic P, Gulbahce N, Johnson JR, McGovern KE, Clarke SC, Shales M, Mercenne G, Pache L, Li K, Hernandez H, Jang GM, Roth SL, Akiva E, Marlett J , Стивенс М., Д’Орсо И., Фернандес Дж., Фэи М., Махон С., О’Донохью А.Дж., Тодорович А., Моррис Дж. Х., Мальтби Д. А., Альбер Т., Кэгни Дж., Бушман Ф. Д., Янг Дж. А., Чанда С. К., Сандквист В. И., и другие.: Глобальный ландшафт белковых комплексов ВИЧ-человека. Природа. 2011, 481: 365-370.

PubMed PubMed Central Google ученый

37.

Jager S, Gulbahce N, Cimermancic P, Kane J, He N, Chou S, D’Orso I, Fernandes J, Jang G, Frankel AD, Alber T, Zhou Q, Krogan NJ: Очищение и характеристика белковых комплексов ВИЧ-человека. Методы. 2011, 53: 13-19. 10.1016 / j.ymeth.2010.08.007

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

38.

Рагхавендра Н.К., Шкрябаи Н., Грэм Р., Хесс С., Кварацхелия М., Ву Л.: Идентификация белков-хозяев, связанных с прединтеграционными комплексами ВИЧ-1, выделенными из инфицированных CD4 + клеток. Ретровирология. 2010, 7: 66-10.1186 / 1742-4690-7-66

Статья PubMed PubMed Central Google ученый

39.

Pichlmair A, Kandasamy K, Alvisi G, Mulhern O, Sacco R, Habjan M, Binder M, Stefanovic A, Eberle CA, Goncalves A, Burckstummer T, Muller AC, Fauster A, Holze C, Lindsten K , Гудборн С., Кохс Г., Вебер Ф, Бартеншлагер Р., Боуи А.Г., Беннетт К.Л., Колинг Дж., Суперти-Фурга Г.: Вирусные иммуномодуляторы нарушают молекулярную сеть человека с помощью общих и уникальных стратегий.Природа. 2012, 487: 486-490. 10.1038 / природа11289

CAS Статья PubMed Google ученый

40.

Комарова А.В., Комбредет С., Мейниэль-Шиклин Л., Шапель М., Кайигнар Дж., Камадро Дж. М., Лотто В., Видален П.О., Тэнги Ф .: Протеомный анализ взаимодействий вирус-хозяин в инфекционном контексте с использованием рекомбинантных вирусов. Протеомика клеток Mol. 2011, 10: M110 007443-

Статья PubMed PubMed Central Google ученый

41.

Chatel-Chaix L, Melancon P, Racine ME, Baril M, Lamarre D: Y-бокс-связывающий белок 1 взаимодействует с вирусом гепатита C NS3 / 4A и влияет на равновесие между репликацией вирусной РНК и образованием инфекционных частиц. J Virol. 2011, 85: 11022-11037. 10.1128 / JVI.00719-11

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

42.

Като Х., Окамото Т., Фукухара Т., Камбара Х, Морита Э, Мори Y, Камитани В., Мацуура Y: сердцевинный белок вируса японского энцефалита подавляет образование стрессовых гранул посредством взаимодействия с каприном-1 и способствует размножению вируса .J Virol. 2013, 87: 489-502. 10.1128 / JVI.02186-12

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

43.

Ху П, Джанга С.К., Бабу М., Диас-Мехиа Дж.Дж., Бутланд Дж., Ян В., Погоутсе О, Гуо Х, Фансе С., Вонг П., Чандран С., Кристопулос К., Назариан-Армавил А, Нассери NK, Musso G, Ali M, Nazemof N, Eroukova V, Golshani A, Paccanaro A, Greenblatt JF, Moreno-Hagelsieb G, Emili A: Глобальный функциональный атлас Escherichia coli , охватывающий ранее не охарактеризованные белки.PLoS Biol. 2009, 7: e96-10.1371 / journal.pbio.1000096

Статья PubMed Google ученый

44.

Maddalo G, Stenberg-Bruzell F, Gotzke H, Toddo S, Bjorkholm P, Eriksson H, Chovanec P, Genevaux P, Lehtio J, Ilag LL, Daley DO: Систематический анализ нативных мембранных белковых комплексов в Escherichia coli . J Proteome Res. 2011, 10: 1848-1859. 10.1021 / pr101105c

CAS Статья PubMed Google ученый

45.

Ян Х, Промнарес К., Цинь Дж., Хе М., Шредер Д. Ю., Кариу Т., Ван Й., Пал У.: Характеристика мультибелковых комплексов везикул внешней мембраны Borrelia burgdorferi . J Proteome Res. 2011, 10: 4556-4566. 10.1021 / pr200395b

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

46.

Лю X, Афран М., Клеммер Д.Е., Чжун Г., Нельсон Д.Е.: Идентификация белков комплекса внешней мембраны Chlamydia trachomatis с помощью дифференциальной протеомики.J Bacteriol. 2010, 192: 2852-2860. 10.1128 / JB.01628-09

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

47.

Marzoa J, Sanchez S, Ferreiros CM, Criado MT: Идентификация комплексов везикул внешней мембраны Neisseria meningitidis с использованием 2-D прозрачного нативного изображения высокого разрешения / SDS-PAGE. J Proteome Res. 2010, 9: 611-619. 10.1021 / pr

09

CAS Статья PubMed Google ученый

48.

Черкасов А., Хсинг М., Зораги Р., Фостер Л.Дж., См. Р.Х., Стойнов Н., Цзян Дж., Каур С., Лиан Т., Джексон Л., Гонг Х., Суэйзи Р., Амандорон Е., Хормоздиари Ф, Дао П, Сахиналп К., Сантос -Filho O, Axerio-Cilies P, Byler K, McMaster WR, Brunham RC, Finlay BB, Reiner NE: Картирование сети взаимодействия белков в метициллин-устойчивом Staphylococcus aureus . J Proteome Res. 2011, 10: 1139-1150. 10.1021 / pr100918u

CAS Статья PubMed Google ученый

49.

Kuhner S, van Noort V, Betts MJ, Leo-Macias A, Batisse C, Rode M, Yamada T, Maier T, Bader S, Beltran-Alvarez P, Castano-Diez D, Chen WH, Devos D, Guell M, Norambuena T, Racke I, Rybin V, Schmidt A, Yus E, Aebersold R, Herrmann R, Bottcher B, Frangakis AS, Russell RB, Serrano L, Bork P, Gavin AC: Протеомная организация в бактерии с редуцированным геномом. Наука. 2009, 326: 1235-1240. 10.1126 / science.1176343

Статья PubMed Google ученый

50.

Guruharsha KG, Rual JF, Zhai B, Mintseris J, Vaidya P, Vaidya N, Beekman C, Wong C, Rhee DY, Cenaj O, McKillip E, Shah S, Stapleton M, Wan KH, Yu C, Parsa B, Carlson JW, Chen X, Kapadia B, VijayRaghavan K, Gygi SP, Celniker SE, Obar RA, Artavanis-Tsakonas S: сеть белковых комплексов Drosophila melanogaster . Клетка. 2011, 147: 690-703. 10.1016 / j.cell.2011.08.047

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

51.

Белозеров В.Е., Лин ZY, Gingras AC, McDermott JC, Michael Siu KW: Карта взаимодействия белков с высоким разрешением митоген-активируемых протеинкиназ Drosophila melanogaster p38 обнаруживает ограниченную функциональную избыточность. Mol Cell Biol. 2012, 32: 3695-3706. 10.1128 / MCB.00232-12

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

52.

Aboobaker AA, Blaxter ML: Медицинское значение Caenorhabditis elegans .Ann Med. 2000, 32: 23-30. 10.3109 / 078538995906

CAS Статья PubMed Google ученый

53.

Фортини М.Э., Скупски М.П., ​​Богуски М.С., Харихаран И.К.: обзор генов-аналогов болезней человека в геноме Drosophila . J Cell Biol. 2000, 150: F23-F30. 10.1083 / jcb.150.2.F23

CAS Статья PubMed Google ученый

54.

Ленер Б: От генотипа к фенотипу: уроки модельных организмов для генетики человека.Nat Rev Genet. 2013, 14: 168-178. 10.1038 / nrg3404

CAS Статья PubMed Google ученый

55.

Прадель E, Ewbank JJ: Генетические модели в патогенезе. Анну Рев Жене. 2004, 38: 347-363. 10.1146 / annurev.genet.38.072902.092528

CAS Статья PubMed Google ученый

56.

Фернандес-Кастанеда А., Аранджелович С., Стайлз Т.Л., Шлобах Р.К., Моуэн К.А., Гониас С.Л., Готье А. Идентификация взаимодействующего с рецептором ЛПНП белка-1 в центральной нервной системе миелина предполагает роль очистка от остатков некротических клеток.J Biol Chem. 2013, 288: 4538-4548. 10.1074 / jbc.M112.384693

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

57.

Culver BP, Savas JN, Park SK, Choi JH, Zheng S, Zeitlin SO, Yates JR, Tanese N: протеомный анализ белков, ассоциированных с хантинтином дикого типа и мутантных белков в мозге мышей, выявляет уникальные взаимодействия и участие в синтезе белка. J Biol Chem. 2012, 287: 21599-21614. 10.1074 / jbc.M112.359307

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

58.

Shirasaki DI, Greiner ER, Al-Ramahi I, Gray M, Boontheung P, Geschwind DH, Botas J, Coppola G, Horvath S, Loo JA, Yang XW: Сетевая организация протеомного взаимодействия хантингтина у млекопитающих мозг. Нейрон. 2012, 75: 41-57. 10.1016 / j.neuron.2012.05.024

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

59.

Фернандес Э., Коллинз М.О., Урен Р.Т., Копаница М.В., Комияма Н.Х., Кронинг М.Д., Зографос Л., Армстронг Д.Д., Чоудхари Д.С., Грант С.Г.: Целенаправленная тандемная аффинная очистка PSD-95 восстанавливает основные постсинаптические комплексы и белки восприимчивости к шизофрении. Mol Syst Biol. 2009, 5: 269-

Статья PubMed PubMed Central Google ученый

60.

Rutishauser D, Mertz KD, Moos R, Brunner E, Rulicke T, Calella AM, Aguzzi A: Комплексный нативный интерактом полностью функционального меченого прионного белка.PLoS One. 2009, 4: e4446-10.1371 / journal.pone.0004446

Статья PubMed PubMed Central Google ученый

61.

Гита Т., Ланглаис П., Луо М., Мапес Р., Лефорт Н., Чен С.К., Мандарино Л.Дж., Йи З .: протеомная идентификация эндогенных, стимулированных инсулином партнеров по взаимодействию субстрата-1 рецептора инсулина. J Am Soc масс-спектрометрия. 2011, 22: 457-466. 10.1007 / с 13361-010-0051-2

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

62.

Fang X, Yoon JG, Li L, Tsai YS, Zheng S, Hood L, Goodlett DR, Foltz G, Lin B: Пейзаж белок-белкового взаимодействия SOX2. Протеомика. 2011, 11: 921-934. 10.1002 / pmic.201000419

CAS Статья PubMed Google ученый

63.

Gao Z, Cox JL, Gilmore JM, Ormsbee BD, Mallanna SK, Washburn MP, Rizzino A: Определение белкового взаимодействия фактора транскрипции Sox2 в эмбриональных стволовых клетках, сконструированных для индуцируемой экспрессии четырех факторов репрограммирования.J Biol Chem. 2012, 287: 11384-11397. 10.1074 / jbc.M111.320143

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

64.

Пардо М., Ланг Б., Ю. Л., Проссер Х, Брэдли А., Бабу М. М., Чоудхари Дж.: Расширенная сеть взаимодействия Oct4: значение для биологии стволовых клеток, развития и болезней. Стволовая клетка. 2010, 6: 382-395. 10.1016 / j.stem.2010.03.004

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

65.

van den Berg DL, Snoek T., Mullin NP, Yates A, Bezstarosti K, Demmers J, Chambers I, Poot RA: Oct4-центрированная сеть взаимодействия белков в эмбриональных стволовых клетках. Стволовая клетка. 2010, 6: 369-381. 10.1016 / j.stem.2010.02.014

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

66.

Мак AB, Ni Z, Hewel JA, Chen GI, Zhong G, Karamboulas K, Blakely K, Smiley S, Marcon E, Roudeva D, Li J, Olsen JB, Wan C, Punna T, Isserlin R , Четыркин С., Гинграс А.С., Эмили А., Гринблатт Дж., Моффат Дж .: Подход с использованием лентивирусной функциональной протеомики выявляет комплексы ремоделирования хроматина, важные для индукции плюрипотентности.Протеомика клеток Mol. 9: 811-823.

67.

Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф., Ли Х., Тейлор П., Клими С., МакБрум-Цераевски Л., Робинсон М.Д., О’Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейльбут А, Мур Л., Чжан С., Орнатски О., Бухман Ю. В., Этье М., Шенг Й., Василеску Дж., Абу-Фарха М., Ламберт Дж. П., Дьювель Х. С., Кюль Б., Хог К, Колвилл К., Глэдвиш К., Маскат Б. и др. др .: Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии. Mol Syst Biol. 2007, 3: 89-

Статья PubMed PubMed Central Google ученый

68.

Малованная А., Ланц Р.Б., Юнг С.Ю., Булынко Ю., Ле НТ, Чан Д.В., Динг К., Ши Ю., Юсер Н., Кренчиуте Г., Ким Б.Дж., Ли К., Чен Р., Ли В. , Цинь Дж .: Анализ комплексома эндогенных корегуляторов человека. Клетка. 2011, 145: 787-799. 10.1016 / j.cell.2011.05.006

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

69.

Havugimana PC, Hart GT, Nepusz T, Yang H, Turinsky AL, Li Z, Wang PI, Boutz DR, Fong V, Phanse S, Babu M, Craig SA, Hu P, Wan C, Vlasblom J , Dar VU, Bezginov A, Clark GW, Wu GC, Wodak SJ, Tillier ER, Paccanaro A, Marcotte EM, Emili A: Перепись человеческих растворимых белковых комплексов.Клетка. 2012, 150: 1068-1081. 10.1016 / j.cell.2012.08.011

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

70.

Кристенсен А. Р., Гспонер Дж., Фостер Л. Дж.: Высокопроизводительный подход для измерения временных изменений в интерактоме. Нат методы. 2012, 9: 907-909. 10.1038 / nmeth.2131

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

71.

Anastas JN, Biechele TL, Robitaille M, Muster J, Allison KH, Angers S, Moon RT: белковый комплекс SCRIB, NOS1AP и VANGL1 регулирует полярность и миграцию клеток и связан с прогрессированием рака груди. Онкоген. 2012, 31: 3696-3708. 10.1038 / onc.2011.528

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

72.

Болдт К., ван Ривейк Дж., Глекнер К.Дж., Уффинг М., Роепман Р.: Тандемная аффинная очистка белковых комплексов, связанных с цилиопатией.Методы Cell Biol. 2009, 91: 143-160.

CAS Статья PubMed Google ученый

73.

Джонсон EK, Zhang L, Adams ME, Phillips A, Freitas MA, Froehner SC, Green-Church KB, Montanaro F: протеомный анализ обнаруживает новые кардиоспецифические белки, ассоциированные с дистрофином. PLoS One. 2012, 7: e43515-10.1371 / journal.pone.0043515

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

74.

Coffill CR, Muller PA, Oh HK, Neo SP, Hogue KA, Cheok CF, Vousden KH, Lane DP, Blackstock WP, Gunaratne J: Мутантный взаимодействующий p53 идентифицирует нардилизин как p53R273H-специфического связывающего партнера, который способствует инвазии. EMBO Rep.2012, 13: 638-644. 10.1038 / embor.2012.74

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

75.

Haura EB, Muller A, Breitwieser FP, Li J, Grebien F, Colinge J, Bennett KL: Использование iTRAQ в сочетании с тандемной аффинной очисткой для усиления белков с низким содержанием, связанных с соматически мутировавшими ядерными комплексами EGFR при раке легких .J Proteome Res. 2011, 10: 182-190. 10.1021 / pr100863f

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

76.

Steunou AL, Ducoux-Petit M, Lazar I, Monsarrat B, Erard M, Muller C, Clottes E, Burlet-Schiltz O, Nieto L: Идентификация альфа-ядерного взаимодействия HIF2 в клетках меланомы выявляет вовлеченные основные белки в развитии меланомы. Протеомика клеток Mol. 2013, 12: 736-748. 10.1074 / mcp.M112.020727

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

77.

Song J, Hao Y, Du Z, Wang Z, Ewing RM: Идентификация новых белковых комплексов в раковых клетках с использованием эпитоп-мечения эндогенных генов человека и масс-спектрометрии с аффинной очисткой. J Proteome Res. 2012, 11: 5630-5641.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

78.

Cirillo F, Nassa G, Tarallo R, Stellato C, Filippo MR, Ambrosino C, Baumann M, Nyman TA, Weisz A: Молекулярные механизмы селективной активности модулятора рецептора эстрогена в клетках рака груди человека: идентификация нового ядерные кофакторы комплексов антиэстроген-ER альфа путем протеомики взаимодействия.J Proteome Res. 2013, 12: 421-431. 10.1021 / пр300753у

CAS Статья PubMed Google ученый

79.

Хуанг Й., Чжон Дж. С., Окамура Дж., Сук-Ким М., Чжу Х., Герреро-Престон Р., Ратовицкий Е. А.: Глобальный интерактом опухолевого белка p53 / p63: обоснование химиорезистентности цисплатина. Клеточный цикл. 2012, 11: 2367-2379. 10.4161 / cc.20863

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

80.

Bantscheff M, Hopf C, Savitski MM, Dittmann A, Grandi P, Michon AM, Schlegl J, Abraham Y, Becher I, Bergamini G, Boesche M, Delling M, Dumpelfeld B, Eberhard D, Huthmacher C, Mathieson T., Poeckel D, Reader V, Strunk K, Sweetman G, Kruse U, Neubauer G, Ramsden NG, Drewes G: Профилирование химиопротеомики ингибиторов HDAC выявляет избирательное нацеливание на комплексы HDAC. Nat Biotechnol. 2011, 29: 255-265. 10.1038 / nbt.1759

CAS Статья PubMed Google ученый

81.

Saito R, Smoot ME, Ono K, Ruscheinski J, Wang PL, Lotia S, Pico AR, Bader GD, Ideker T: Путеводитель по плагинам Cytoscape. Нат методы. 2012, 9: 1069-1076. 10.1038 / nmeth.2212

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

82.

Лю З.П., Чен Л.: Протеомное предсказание белок-белковых взаимодействий на основе данных с высокой пропускной способностью. Белковая клетка. 2012, 3: 508-520. 10.1007 / s13238-012-2945-1

CAS Статья PubMed Google ученый

83.

Elefsinioti A, Sarac OS, Hegele A, Plake C, Hubner NC, Poser I, Sarov M, Hyman A, Mann M, Schroeder M, Stelzl U, Beyer A: крупномасштабное de novo предсказание физического белка-белка ассоциация. Протеомика клеток Mol. 2011, 10: M111 010629-

Статья PubMed PubMed Central Google ученый

84.

Чой Х: Вычислительное обнаружение белковых комплексов в экспериментах AP-MS. Протеомика. 2012, 12: 1663-1668.10.1002 / pmic.201100508

CAS Статья PubMed Google ученый

85.

Кузу Г., Кескин О., Гурсой А., Нусинов Р.: Построение структурных сетей сигнальных путей в масштабе протеома. Curr Opin Struct Biol. 2012, 22: 367-377. 10.1016 / j.sbi.2012.04.004

CAS Статья PubMed Google ученый

86.

Tuncbag N, Gursoy A, Nussinov R, Keskin O: Предсказание белок-белковых взаимодействий в протеомном масштабе путем сопоставления эволюционного и структурного сходства на интерфейсах с использованием PRISM.Nat Protoc. 2011, 6: 1341-1354. 10.1038 / nprot.2011.367

CAS Статья PubMed Google ученый

87.

Acuner Ozbabacan SE, Keskin O, Nussinov R, Gursoy A: Обогащение пути апоптоза человека путем прогнозирования структур белок-белковых комплексов. J Struct Biol. 2012, 179: 338-346. 10.1016 / j.jsb.2012.02.002

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

88.

Тейлор И.В., Линдинг Р., Вард-Фарли Д., Лю Й., Пескита С., Фариа Д., Булл С., Поусон Т., Моррис К., Врана Дж. Л.: Динамическая модульность в сетях взаимодействия белков предсказывает исход рака молочной железы. Nat Biotechnol. 2009, 27: 199-204. 10.1038 / nbt.1522

CAS Статья PubMed Google ученый

89.

Chuang HY, Rassenti L, Salcedo M, Licon K, Kohlmann A, Haferlach T, Foa R, Ideker T, Kipps TJ: Анализ хронического лимфолейкоза на основе подсетей определяет пути, которые связаны с прогрессированием заболевания.Кровь. 2012, 120: 2639-2649. 10.1182 / кровь-2012-03-416461

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

90.

Dutkowski J, Ideker T: Белковые сети как логические функции в развитии и раке. PLoS Comput Biol. 2011, 7: e1002180-10.1371 / journal.pcbi.1002180

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

91.

Биссон Н., Джеймс Д.А., Ивосев Г., Тейт С.А., Боннер Р., Тейлор Л., Поусон Т.: Масс-спектрометрия для мониторинга выбранных реакций выявляет динамику передачи сигналов через адаптер GRB2. Nat Biotechnol. 2011, 29: 653-658. 10.1038 / nbt.1905

CAS Статья PubMed Google ученый

92.

Финдли GM, Смит MJ, Lanner F, Hsiung MS, Gish GD, Petsalaki E, Cockburn K, Kaneko T, Huang H, Baghaw RD, Ketela T, Tucholska M, Taylor L, Bowtell DD, Moffat J , Ikura M, Li SS, Sidhu SS, Rossant J, Pawson T: Домены взаимодействия Sos1 / Grb2 точно настроены для совместного контроля судьбы эмбриональных стволовых клеток.Клетка. 2013, 152: 1008-1020. 10.1016 / j.cell.2013.01.056

CAS Статья PubMed Google ученый

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности. Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.

---

Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно. Ниже приведены наиболее частые причины:

• В вашем браузере отключены файлы cookie.Вам необходимо сбросить настройки своего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
• Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались. Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, используйте кнопку «Назад» и примите файлы cookie.
• Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
• Дата на вашем компьютере в прошлом. Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г., браузер автоматически забудет файл cookie.Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
• Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie. Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.

---

Почему этому сайту требуются файлы cookie?

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу. Чтобы предоставить доступ без файлов cookie потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.

---

Что сохраняется в файле cookie?

Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.

Как правило, в файлах cookie может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта. Например, сайт не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.

сетей белок-белкового взаимодействия — Creative Proteomics

Белки — это жизненно важные макромолекулы, которые способствуют разнообразным биологическим процессам как на клеточном, так и на системном уровнях. Огромные молекулярные процессы регулируются с помощью большого количества белковых компонентов, организованных белок-белковыми взаимодействиями (PPI), которые относятся к преднамеренным физическим контактам, устанавливаемым между двумя или более белками и приводящим к определенным биохимическим событиям. Такие взаимодействия лежат в основе всей системы взаимодействия живых клеток, поэтому неудивительно, что определенные PPI идентифицируются с корреляцией множества заболеваний.

Рис. 1. Горячие точки белок-белкового взаимодействия и аллостерические участки. (Turnbull A. P. et al .; 2014)

Обнаружение и проверка взаимодействия белок-белок — первый шаг к пониманию того, где, как и при каких условиях эти белки взаимодействуют in vitro / in vivo и их функциональные последствия, лежащие в основе взаимодействий. Как показано в таблице 1, некоторые популярные методы исследования PPI перечислены ниже.

Таблица 1.Наиболее популярные методы в исследованиях ИПП

Анализ белкового взаимодействия в Creative Proteomics

В нашей группе для изучения ИПП применялись различные методы. У каждого метода есть свои преимущества и ограничения. Мы инструктируем наших клиентов по наиболее подходящему методу. Наши услуги включают, но не ограничиваются:

Co-IP — это полезный метод in vitro для оценки белков, участвующих в комплексе, и определения того, прочно ли они связываются друг с другом.Идентификация PPI использует специфические для целевого белка антитела для захвата белков, которые связаны с конкретным целевым белком. Co-IP позволяет улавливать и очищать не только первичную мишень, но и другие макромолекулы, участвующие во взаимодействиях.

Метод «pull-down» способен обнаруживать физическое взаимодействие между двумя или более белками и выявлять ранее неизвестные PPI. В анализе методом «выталкивания» белок-приманка маркируется и иммобилизуется на аффинной смоле.Когда образец инкубируется с белками приманки, белки, связывающиеся с белками приманки, улавливаются и «вытягиваются».

Анализ взаимодействия сшивающихся белков подходит для кратковременного или слабого взаимодействия, которое может быть выполнено in vivo или in vitro . В этом методе аналитический раствор, такой как сшивающие реагенты или сшивающие агенты, позволяет блокировать комплексы белок-белок путем ковалентного связывания с последующим выделением и характеристикой.

Перенос меток применялся для обнаружения временных или слабых PPI, которые трудно уловить с помощью других стратегий обнаружения in vitro . Реагент переноса метки будет использоваться для маркировки белков, которые взаимодействуют с интересующим белком. Разработка новых неизотопных реагентов и методов позволила сделать анализ переноса меток более простым и доступным.

Фар-вестерн-блоттинг, основанный на процедуре иммуноблоттинга, также обнаруживает ИПП in vitro и не требует сохранения нативного состояния целевого белка.В этом методе очищенный и помеченный белок-приманка используется для зондирования целевого белка-жертвы на мембране.

Результат двух или более белков, которые взаимодействуют с определенной функциональной целью, можно продемонстрировать несколькими различными способами. Измеримые эффекты белковых взаимодействий описаны следующим образом:

• Инактивировать или денатурировать белок
• Изменить кинетические свойства ферментов
• Создать новый сайт связывания, обычно для малых эффекторных молекул
• Изменить специфичность белка для его субстрат посредством взаимодействия с различными партнерами по связыванию
• Выполняет регуляторную роль в восходящем или нисходящем событии
• Обеспечивает канализацию субстрата путем перемещения субстрата между доменами или субъединицами, что в конечном итоге приводит к намеченному конечному продукту

Creative Proteomics Имея команду ученых с конкретным опытом в исследованиях взаимодействия белок-белок, наша сетевая платформа взаимодействия белок-белок поможет вам расшифровать взаимодействие белок-белок и расширить кругозор ваших исследований.

Наша процедура заказа следующая. Если у вас есть какие-либо вопросы или особые требования, свяжитесь с нами.

Ссылка:

1. Тернбулл А. П., Бойд С. М., Уолс Б. Открытие лекарств на основе фрагментов и межбелковые взаимодействия. Исследования и отчеты в области биохимии, 2014, 4: 13-26.

* Только для исследовательских целей. Не использовать в диагностических процедурах.

Наши представители по обслуживанию клиентов доступны 24 часа в сутки, 7 дней в неделю.Расследование

Сети взаимодействия белков, выявленные совместной эволюцией протеома

Прогнозирование пар белков

Биологическая функция определяется взаимодействием между белками. Экспериментальные методы с высокой пропускной способностью предоставили большие наборы данных о взаимодействии белков у нескольких организмов; однако большая часть комбинаторного пространства остается неизведанной. Cong et al. предсказывает интерфейсы белков, идентифицируя коэволюционирующие остатки в выровненных последовательностях белков (см. Перспективы Вайды и Эмили).По сравнению с наборами золотого стандарта и отрицательного контроля они показывают, что точность выше, чем для двухгибридных протеомных и масс-спектрометрических экранов. Подход предсказывает 1618 взаимодействий белков в Escherichia coli , 682 из которых были непредвиденными, и 911 взаимодействующих пар в Mycobacterium tuberculosis , большинство из которых ранее не были описаны. При ожидаемом уровне ложноположительных результатов от 10 до 20% предсказанные взаимодействия и сети обеспечивают отличную отправную точку для дальнейшего изучения.

Наука , в этом выпуске стр. 185; также с. 120

Abstract

Коэволюция остатков и остатков наблюдалась в ряде интерфейсов белок-белок, но степень коэволюции остатков между семействами белков в масштабе всего протеома систематически не изучалась. Мы исследуем коэволюцию между 5,4 миллионами пар белков в Escherichia coli и между 3,9 миллионами пар в Mycobacterium tuberculosis .Мы находим сильную коэволюцию бинарных комплексов, участвующих в метаболизме, и более слабую коэволюцию более крупных комплексов, играющих роль в обработке генетической информации. Мы используем преимущества этой коэволюции в сочетании с моделированием структуры для прогнозирования белок-белковых взаимодействий (ИПП) с точностью, которая, как показывают сравнительные исследования, значительно выше, чем у двухгибридных протеомных и масс-спектрометрических скринингов. Мы идентифицируем сотни ранее не охарактеризованных ИПП в E. coli и M.tuberculosis , которые добавляют компоненты к известным белковым комплексам и сетям и устанавливают существование новых.

Индуцируемые белок-белковые взаимодействия — системы iDimerize

Все основные процессы в клетке регулируются сложной сетью белок-белковых взаимодействий. Технология iDimerize позволяет вызвать взаимодействие между двумя белками или повторную локализацию белка и, таким образом, контролировать любые клеточные процессы, которые активируются (или инактивируются) этими событиями.

• Побудить ваш белок взаимодействовать с другим белком
• Направьте клеточную локализацию вашего белка
• Индукция очень быстрая и специфическая

Передача сигнала	Перемещение белка	Активация фермента	Сплайсинг белков
Индуцируемый апоптоз	Секреция белка	Сплайсинг РНК	Адгезия клеток и скатывание
Индуцибельная транскрипция	Содержание липидов в мембране	Петля ДНК	Гликозилирование
Стробирование ионного канала	Динамика мембраны
Более 400 опубликованных приложений с использованием технологии iDimerize

Как работает технология iDimerize?

Чтобы создать индуцибельную систему белок-белковых взаимодействий, пометьте интересующие белки доменом димеризации (Dmr A, B или C).Белки, слитые с доменом Dmr, затем могут быть индуцированы для взаимодействия путем добавления низкомолекулярного лиганда в культуральную среду (рис. 1). Лиганды димеризатора предназначены для связывания двух доменов Dmr с высокой аффинностью и специфичностью. Когда происходит взаимодействие двух слитых с Dmr белков, присутствие димеризатора лиганда улавливает и стабилизирует связанный комплекс. Домены и лиганды Dmr различаются в зависимости от используемой системы iDimerize.

Рис. 1. Индуцирование белок-белковых взаимодействий с помощью системы индуцибельной гомодимеризации.

Системы и лиганды iDimerize

Наш набор Dmr доменов и лигандов позволяет индуцибельную гомодимеризацию, гетеродимеризацию, обратимую димеризацию и активацию транскрипции. Возможности безграничны, поэтому с некоторым воображением вы можете разработать систему индуцибельной димеризации для вашего приложения in vitro или in vivo .

Компоненты и приложения имеющихся систем iDimerize

---

Вызвать самоассоциацию двух копий одного и того же белка

Система индуцируемой гомодимеризации

Контролирует широкий спектр клеточных процессов, включая пролиферацию, дифференцировку, адгезию, трансформацию и апоптоз.

---

Вызвать ассоциацию двух разных белков

Система индуцируемой гетеродимеризации

Контроль клеточной локализации, условных аллелей рецепторов, сигнальных молекул и других белков, участвующих в сигнальном пути.

---

Вызвать диссоциацию (солюбилизацию или дезагрегацию) белков

Система индуцируемой обратной димеризации

Контроль секреции и / или клеточного расположения белков.

---

Вызвать транскрипцию интересующего гена

Регулируемая система транскрипции

Мотивы системы гетеродимеризации, слитые с доменом активации транскрипции (ТА) и ДНК-связывающим доменом (DB), соответственно.